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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs为什么小体系能跑通，放大体系之后就跑死了？
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yiran870804

新虫 (小有名气)

[交流] Gromacs为什么小体系能跑通，放大体系之后就跑死了？

我的模型很简单。只有非键作用，小体系跑时，可以跑通，放大体系（密度不变），就会跑死，这是什么原因？
       有时候，同样的体系，褪火速率减慢也会跑死，这是为什么？
       麻烦大家帮帮忙，这老死的，真是要崩溃了...
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1楼 2012-11-07 17:13:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2012-11-08 19:28:41
引用回帖:
34楼: Originally posted by yiran870804 at 2012-11-08 16:18:11
1.我是在实验室的集群上跑的，内存肯定够
2.放大体系的时候，模型没有改变，只是同样倍数的增大了粒子数和空间   体积（密度不变）
3.log里的错误是

Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7
Source code file: ...

Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.



你试试其他条件都不变，把你的gro文件中的周期边界条件都稍稍增大 0.2 nm，然后把你的模拟体系调整到盒子的中心，再能量最小化，再你的后续模拟
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35楼2012-11-08 16:29:52
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
http://www.doc88.com/p-79959384353.html
赞一下 回复此楼
14楼2012-11-07 18:39:08
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乾坤智林5楼
2012-11-07 17:35   回复  
yiran870804(金币+1): 谢谢参与
:-O [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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