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yiran870804

新虫 (小有名气)

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[交流] Gromacs为什么小体系能跑通，放大体系之后就跑死了？

我的模型很简单。只有非键作用，小体系跑时，可以跑通，放大体系（密度不变），就会跑死，这是什么原因？
有时候，同样的体系，褪火速率减慢也会跑死，这是为什么？
麻烦大家帮帮忙，这老死的，真是要崩溃了...

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1楼 2012-11-07 17:13:49

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yiran870804

新虫 (小有名气)

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送鲜花一朵

引用回帖:

30楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-11-07 20:27:39
几点建议：
1、系统变大，大到什么程度？是不是你的计算机内存不够了？
2、是不是你建大体系的时候，模型有问题？下次交流问题的时候，最好把log文件里的错误提示一起贴出来，方便大家帮你找到原因。
3、求助帖子 ...

1.我是在实验室的集群上跑的，内存肯定够
2.放大体系的时候，模型没有改变，只是同样倍数的增大了粒子数和空间体积（密度不变）
3.log里的错误是

Program mdrun_mpi_v4, VERSION 4.0.7
Source code file: nsgrid.c, line: 357

Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 125 ]

大致意思就是，速度太快，能量太大吧，但是我小体系的时候，就没有问题啊

这是怎么回事