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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] gromacs教程3伞状取样--pull_start出错 已有1人参与

在进行第五步运行牵引模拟时gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr
出现file:///C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Tencent\Users\935412282\QQ\WinTemp\RichOle\44RV9`)}`MED(M38VM]6~JS.png    “WARNING 1 [file md_pull.mdp, line 69]:
             Unknown left-hand 'pull_start' in parameter file”
导致pull.tpr文件无法生成,不能进行下一步。

对该问题的初步解决尝试:
1.首先检查了拼写是否错误,反复对比没有错误。
2.将pull_start选项删除,在进行运行反而没有错误,可以直接运行。
3.有人说是版本问题,我使用的是gromacs 5.1.2版本,而教程说可以在5.1.x版本以上都可以运行,不知道问题是不是因为这个。

我现在对这些参数了解的还不是很透彻,希望各位老师能够指导一下,非常感谢
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jluchemlib

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
abinitio: 金币+5, 感谢应助 2017-06-22 06:57:46
很奇怪,你可以试试把pull_start改成pull-start,但是我不太清楚你的其它option是不是也用的下划线,如果用了没问题的话,那我就不知道了
2楼2017-06-21 17:22:23
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