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ra2ghgzh木虫 (正式写手)
学痴
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求个好用的gromacs的pbs脚本
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我根据官网的方法安装了gromacs，现在可以正常使用了。 但是只能用8个核，于是想编个pbs脚本用16核的机器算。 脚本如下： ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------- #!/bin/sh #PBS -N test #PBS -l nodes=1:ppn=16 #PBS -q n16 #PBS -j oe #PBS -m e #PBS -M 我的邮箱 cd $PBS_O_WORKDIR export gmxroot=/opt/gromacs-3.3.3 #其实应该是5.1.4，手滑写错了 source $gmxroot/bin/GMXRC.bash gmx mdrun -deffnm nvt -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 一运行就报错，log文件说： /home/MyID/.bashrc: line 13: /opt/gromacs-3.3.3/bin/GMXRC.bash: No such file or directory /var/spool/torque/mom_priv/jobs/20556.cluster.hpc.org.SC: line 13: /opt/gromacs-3.3.3/bin/GMXRC.bash: No such file or directory /home/MyID/.bashrc是： -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- # .bashrc # Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then . /etc/bashrc fi # User specific aliases and functions export g09root=/share/apps source $g09root/g09/bsd/g09.profile export PATH=$PATH:~/vtstscripts-930 export gmxroot=/opt/gromacs-3.3.3 source $gmxroot/bin/GMXRC.bash -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |
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