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木虫 (正式写手)

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[求助] 求个好用的gromacs的pbs脚本

我根据官网的方法安装了gromacs，现在可以正常使用了。
但是只能用8个核，于是想编个pbs脚本用16核的机器算。
脚本如下：
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#!/bin/sh
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -q n16
#PBS -j oe
#PBS -m e
#PBS -M 我的邮箱

cd $PBS_O_WORKDIR
export gmxroot=/opt/gromacs-3.3.3 #其实应该是5.1.4，手滑写错了
source $gmxroot/bin/GMXRC.bash
gmx mdrun -deffnm nvt
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
一运行就报错，log文件说：
/home/MyID/.bashrc: line 13: /opt/gromacs-3.3.3/bin/GMXRC.bash: No such file or directory
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/20556.cluster.hpc.org.SC: line 13: /opt/gromacs-3.3.3/bin/GMXRC.bash: No such file or directory

/home/MyID/.bashrc是：
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
. /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
export g09root=/share/apps
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
export PATH=$PATH:~/vtstscripts-930
export gmxroot=/opt/gromacs-3.3.3
source $gmxroot/bin/GMXRC.bash
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

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