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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间
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toxicLi

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间 已有1人参与

我用的是opensuse linux系统，我想在如下图的立方水体中掏出一个比蛋白质体积大点的空间，目的是将蛋白质放进去，然后用namd运行。求指导!

请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间


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1楼 2017-06-02 09:39:16
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
so easy!
1、put the protein in the middle of the water box
2、use the  comand of  "within" in the VMD, and select the water  within 10( or 20 as your wish ) of the  protein, then ,delete the selected waters
3、save the final PDB.
ok, you will get it
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2楼2017-06-02 10:31:11
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hclwonder

新虫 (正式写手)
楼上的回答应该可行。但不知楼主为何要这么做，因为一般是围绕着蛋白给它加上水分子，而按楼主那样，得到的溶剂化应该不会好。

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3楼2017-06-02 10:39:09
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toxicLi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-02 10:39:09
楼上的回答应该可行。但不知楼主为何要这么做，因为一般是围绕着蛋白给它加上水分子，而按楼主那样，得到的溶剂化应该不会好。

因为水体之外都是真空，我要是不扣出一点空间，我觉得运行的时候可能因为外压的作用对结果有什么影响，不知道在模拟里会不会这样？

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4楼2017-06-04 08:31:51
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memeone

金虫 (小有名气)
packmol这个插件你用过吗

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5楼2017-06-05 21:48:06
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