应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间
51/1返回列表
查看: 978  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

toxicLi

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间 已有1人参与

我用的是opensuse linux系统，我想在如下图的立方水体中掏出一个比蛋白质体积大点的空间，目的是将蛋白质放进去，然后用namd运行。求指导!

请教：怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间


发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2017-06-02 09:39:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
so easy!
1、put the protein in the middle of the water box
2、use the  comand of  "within" in the VMD, and select the water  within 10( or 20 as your wish ) of the  protein, then ,delete the selected waters
3、save the final PDB.
ok, you will get it
赞一下 回复此楼
2楼2017-06-02 10:31:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
楼上的回答应该可行。但不知楼主为何要这么做，因为一般是围绕着蛋白给它加上水分子，而按楼主那样，得到的溶剂化应该不会好。

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2017-06-02 10:39:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

toxicLi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-06-02 10:39:09
楼上的回答应该可行。但不知楼主为何要这么做，因为一般是围绕着蛋白给它加上水分子，而按楼主那样，得到的溶剂化应该不会好。

因为水体之外都是真空，我要是不扣出一点空间，我觉得运行的时候可能因为外压的作用对结果有什么影响，不知道在模拟里会不会这样？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2017-06-04 08:31:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

memeone

金虫 (小有名气)
packmol这个插件你用过吗

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2017-06-05 21:48:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 toxicLi 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭