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简点爱

新虫 (初入文坛)

[求助] vmd前期所需的pdb文件怎么得到 已有1人参与

本人现在对namd、vmd初次接触,要做金属材料方面的分子动力学模拟,可是不知道一开始的pdb文件怎么获得?哪位有经验的,希望能给我指导指导

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myfantasy8

至尊木虫 (职业作家)

在pdb数据库里下载,百度pdb,蛋白质数据库网站!

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2楼2017-03-15 19:08:09
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hclwonder

新虫 (正式写手)

namd主要用在生物分子方面,如果专业做材料恐怕不合适,lammps是更适合材料科学的,楼主或许可以看看。

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3楼2017-03-15 20:00:48
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hclwonder

新虫 (正式写手)

至于pdb文件,做生物分子的一般是从pdb数据库下载或者自己模建,但材料方面的不了解,我倒是用用薛定谔软件搭建过碳纳米的结构,不过只是试试玩玩,并不懂的。

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4楼2017-03-15 20:08:56
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简点爱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by myfantasy8 at 2017-03-15 19:08:09
在pdb数据库里下载,百度pdb,蛋白质数据库网站!

那里只是蛋白质文件,有没有金属单质的文件呢

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5楼2017-03-22 11:39:03
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简点爱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-15 20:00:48
namd主要用在生物分子方面,如果专业做材料恐怕不合适,lammps是更适合材料科学的,楼主或许可以看看。

是吗,我也在想我是不是方向偏了

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6楼2017-03-22 11:39:38
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简点爱

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-15 20:08:56
至于pdb文件,做生物分子的一般是从pdb数据库下载或者自己模建,但材料方面的不了解,我倒是用用薛定谔软件搭建过碳纳米的结构,不过只是试试玩玩,并不懂的。

谢谢了

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7楼2017-03-22 11:39:58
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
8楼2017-03-22 12:45:31
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dgwfly

新虫 (正式写手)

可以用MS建模,然后导出vmd格式

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9楼2017-04-22 10:11:31
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

金属的PDB文件可以在VMD中直接根据金属的晶格参数建立,生物分子的模型可以在库里找。
10楼2017-04-25 10:18:14
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