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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » vmd前期所需的pdb文件怎么得到
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简点爱

新虫 (初入文坛)

[求助] vmd前期所需的pdb文件怎么得到 已有1人参与

本人现在对namd、vmd初次接触，要做金属材料方面的分子动力学模拟，可是不知道一开始的pdb文件怎么获得？哪位有经验的，希望能给我指导指导

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1楼 2017-03-15 16:08:53
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myfantasy8

至尊木虫 (职业作家)
在pdb数据库里下载，百度pdb，蛋白质数据库网站！

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2楼2017-03-15 19:08:09
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hclwonder

新虫 (正式写手)
namd主要用在生物分子方面，如果专业做材料恐怕不合适，lammps是更适合材料科学的，楼主或许可以看看。

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3楼2017-03-15 20:00:48
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hclwonder

新虫 (正式写手)
至于pdb文件，做生物分子的一般是从pdb数据库下载或者自己模建，但材料方面的不了解，我倒是用用薛定谔软件搭建过碳纳米的结构，不过只是试试玩玩，并不懂的。

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4楼2017-03-15 20:08:56
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简点爱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by myfantasy8 at 2017-03-15 19:08:09
在pdb数据库里下载，百度pdb，蛋白质数据库网站！

那里只是蛋白质文件，有没有金属单质的文件呢

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5楼2017-03-22 11:39:03
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简点爱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-15 20:00:48
namd主要用在生物分子方面，如果专业做材料恐怕不合适，lammps是更适合材料科学的，楼主或许可以看看。

是吗，我也在想我是不是方向偏了

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6楼2017-03-22 11:39:38
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简点爱

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-03-15 20:08:56
至于pdb文件，做生物分子的一般是从pdb数据库下载或者自己模建，但材料方面的不了解，我倒是用用薛定谔软件搭建过碳纳米的结构，不过只是试试玩玩，并不懂的。

谢谢了

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7楼2017-03-22 11:39:58
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匿名

用户注销 (正式写手)
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8楼2017-03-22 12:45:31
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dgwfly

新虫 (正式写手)
可以用MS建模，然后导出vmd格式

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9楼2017-04-22 10:11:31
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

金属的PDB文件可以在VMD中直接根据金属的晶格参数建立，生物分子的模型可以在库里找。
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10楼2017-04-25 10:18:14
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