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[求助]
关于nam做SMD的问题
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求助一下，namd在长时间模拟的时候会出现蛋白质跑的盒子边缘的问题，虽然有周期性，但是我并不想让它到盒子边上，因为我在做smd，一旦到盒子边上再拉伸的会导致体系崩溃，我知道amber默认跑的时候体系总是在正中心，但是namd有参数吗，com参数是将水盒子质心不动，但是我是想让蛋白不动，但是又不能施加力，因为会影响体系的构象变化，我现在想在跑的时候消除平动和转动使体系保持原位 还有一个问题就是怎么将体系和坐标平行，比如在教程中SMD中，是一个模拟分子通过膜的，给的体系膜是和坐标平行的，这样不管是力的方向还是施加限制力方向都非常方便尤其是constraints只能正xyz方向的施加，如果我的体系不是正方向那么限制起来很不理想 非常感谢帮助我的人 |
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