| 查看: 3579 | 回复: 73 | |||
[交流]
关于gromacs中拟合静电势的咨询。
|
|||
|
自己自学gromacs，经常看到要计算原子电荷拟合静电势，所以有以下几个问题想咨询，一直搞不明白 1：对于分子，我们能通过高斯计算得到原子电荷是吧？比如pop=MK等，我也看过sob老师的《原子电荷计算方法的对比》文章。 所以，高斯能够计算得到原子电荷了，为什么后面还要进行静电势拟合，得到原子电荷呢？ 2：之前在群里咨询，有老师回复“ 原子电荷有多种定义, 高斯也可以得到拟合静电势的电荷. 这种电荷能够最大程度的复现分子周围的静电势, 所以用于MD最合适, 因为MD中计算力时需要知道静电势. 根据静电势拟合电荷有不同的方案, 其中的一种是RESP, 这是我们最常用的.”。我知道高斯能够计算得到原子电荷，有这个原子电荷，不是能够计算静电势？为啥后面又要拟合？ 3：也有网友指点“量子力学基于电子云分布几率，经典力学是点电荷，当然要从静电势拟合“、也就是我们高斯计算得到的是静电势？不是原子电荷？然后拟合这个静电势得到原子电荷吗？如果是这样，那为什么高斯计算，采用pop=MK等，能得到原子电荷》？ 总之，就是不理解高斯计算了原子电荷，后面为啥要拟合静电势得到原子电荷。拟合静电势是啥过程什么意思？ 理解的比较乱，写的也明白。望老师见谅。谢谢指点 |
回复此楼» 猜你喜欢
评审有感
已经有12人回复
-
上海大学实验技术岗位非升即走
已经有9人回复
-
云南大学材料与能源学院解琳课题组钙钛矿博士招生
已经有4人回复
-
博士申请
已经有6人回复
-
面上本子正文33页，违规吗？会被低分嘛？
已经有10人回复
-
国自然上会要求
已经有9人回复
-
今年审到国自然15份，谈谈感受
已经有16人回复
-
考博自荐
已经有6人回复
-
青C资助名额大幅增加！
已经有16人回复
-
重磅！青年科学基金项目（C类）资助增幅预计超过50%
已经有10人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
河南大学化学与分子科学学院博士招生
+2/404
-
坐标深圳，愿遇良缘
+1/254
-
钯炭、铂炭、钌炭等加氢催化剂
+1/84
-
青基祈福
+1/73
-
80后老木虫征婚
+1/59
-
河南省医学科学院王宁利院士科研团队2026年博士、博后、硕士招聘
+1/45
-
招聘二维光电材料与器件方向博士后若干名
+1/36
-
招聘二维光电材料与器件方向博士后若干名
+1/35
-
西北工业大学王凯强课题组诚招【AI与光学交叉方向】博士/硕士研究生（含推免）
+1/31
-
华南师范大学（211）- 生物光子学研究院招收生物学、物理学、神经科学等专业博士
+1/27
-
南京农业大学人工智能学院 农业智能传感器与检测技术实验室招收2026级博士研究生
+1/24
-
类器官/器官芯片 华西医院有编制研究员招聘
+1/22
-
教师招聘-光（电）催化-有机反应、塑料转化-深圳信息职业技术大学
+1/15
-
双一流南京林业大学/化学工程学院-国家海外优青团队招青年师资、师资博后（自动转编）
+1/12
-
首都医科大学药学院2026年申请考核制博士研究生招生/有机合成/药物化学 5.15报名
+1/8
-
清华大学机械系吴爱萍教授课题组招收博士后
+1/7
-
邀请函 | 华南理工大学集成电路技术前沿论坛（含电子信息）诚邀您参加！
+1/6
-
华南师范大学（211）- 生物光子学研究院招收生物学、物理学、神经科学等专业博士
+1/5
-
河南省多酸制备与应用重点实验室招收2026级博士1名。
+1/4
-
中博网个人信息栏，只有配偶栏没有添加选项，其他栏都有
+1/1
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989: 金币+10, 谢谢 2017-04-30 15:57:59
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989: 金币+10, 谢谢 2017-04-30 15:57:59
|
有帖子介绍这个，你搜一下，gromacs+amber+gaussian，哲科文里面，介绍步骤比较详细 发自小木虫Android客户端 |
61楼2017-04-30 12:05:58
7楼2017-04-26 09:33:45
20楼2017-04-26 13:46:21
21楼2017-04-26 14:45:33
22楼2017-04-26 14:45:34
25楼2017-04-26 16:01:39
★
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
|
本帖内容被屏蔽 |
33楼2017-04-27 09:06:15
39楼2017-04-27 15:58:30
41楼2017-04-27 18:33:22
44楼2017-04-28 13:15:09
47楼2017-04-28 13:32:14
简单回复
nono20092楼
2017-04-26 08:57
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
2017-04-26 09:15
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
纳米材料7534楼
2017-04-26 09:19
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
2017-04-26 09:21
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
。 发自小木虫Android客户端
2017-04-26 09:26
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
y 发自小木虫IOS客户端
超级老快8楼
2017-04-26 10:27
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
2017-04-26 10:54
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
也是小白10楼
2017-04-26 11:23
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
343511楼
2017-04-26 12:27
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
syhorchid12楼
2017-04-26 12:31
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
sz_kebaoyuan13楼
2017-04-26 12:34
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
tan91414楼
2017-04-26 12:34
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
tzynew15楼
2017-04-26 12:40
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
lvluohua16楼
2017-04-26 12:46
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
103062354317楼
2017-04-26 12:53
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
施家台18楼
2017-04-26 13:01
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
李慧玲19楼
2017-04-26 13:08
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
jufayin23楼
2017-04-26 15:10
回复
paperhunter24楼
2017-04-26 15:28
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
熠熠翼翼26楼
2017-04-26 19:46
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
wtbccq50527楼
2017-04-26 20:24
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
slytjiaofei28楼
2017-04-26 20:30
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
tableman29楼
2017-04-26 21:30
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
祝福了。
chentao30楼
2017-04-26 21:51
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
youngen31楼
2017-04-27 06:01
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
shenrenren32楼
2017-04-27 09:01
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
xufan34楼
2017-04-27 09:31
回复
1593189226735楼
2017-04-27 09:32
回复
朝都36楼
2017-04-27 09:43
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
好 发自小木虫Android客户端
田园STYLE37楼
2017-04-27 09:56
回复
ylheping38楼
2017-04-27 14:30
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
风铃响40楼
2017-04-27 16:48
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
^_^ 发自小木虫IOS客户端
zimu010442楼
2017-04-28 09:33
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
slytjiaofei43楼
2017-04-28 10:12
回复
纳米材料75345楼
2017-04-28 13:20
回复
woniuaini46楼
2017-04-28 13:24
回复
tanliangzhi48楼
2017-04-28 13:41
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
， 发自小木虫Android客户端
seeker9149楼
2017-04-28 13:47
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
ok 发自小木虫Android客户端
28524653650楼
2017-04-28 13:48
回复
小范范1989(金币+1): 谢谢参与
