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[交流]
关于gromacs中拟合静电势的咨询。
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自己自学gromacs，经常看到要计算原子电荷拟合静电势，所以有以下几个问题想咨询，一直搞不明白 1：对于分子，我们能通过高斯计算得到原子电荷是吧？比如pop=MK等，我也看过sob老师的《原子电荷计算方法的对比》文章。 所以，高斯能够计算得到原子电荷了，为什么后面还要进行静电势拟合，得到原子电荷呢？ 2：之前在群里咨询，有老师回复“ 原子电荷有多种定义, 高斯也可以得到拟合静电势的电荷. 这种电荷能够最大程度的复现分子周围的静电势, 所以用于MD最合适, 因为MD中计算力时需要知道静电势. 根据静电势拟合电荷有不同的方案, 其中的一种是RESP, 这是我们最常用的.”。我知道高斯能够计算得到原子电荷，有这个原子电荷，不是能够计算静电势？为啥后面又要拟合？ 3：也有网友指点“量子力学基于电子云分布几率，经典力学是点电荷，当然要从静电势拟合“、也就是我们高斯计算得到的是静电势？不是原子电荷？然后拟合这个静电势得到原子电荷吗？如果是这样，那为什么高斯计算，采用pop=MK等，能得到原子电荷》？ 总之，就是不理解高斯计算了原子电荷，后面为啥要拟合静电势得到原子电荷。拟合静电势是啥过程什么意思？ 理解的比较乱，写的也明白。望老师见谅。谢谢指点 |
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有帖子介绍这个，你搜一下，gromacs+amber+gaussian，哲科文里面，介绍步骤比较详细 发自小木虫Android客户端 |
61楼2017-04-30 12:05:58
7楼2017-04-26 09:33:45
20楼2017-04-26 13:46:21
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33楼2017-04-27 09:06:15
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41楼2017-04-27 18:33:22
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47楼2017-04-28 13:32:14
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nono20092楼
2017-04-26 08:57
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纳米材料7534楼
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。 发自小木虫Android客户端
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超级老快8楼
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也是小白10楼
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syhorchid12楼
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seeker9149楼
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28524653650楼
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