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peng660新虫 (小有名气)
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[交流]
关于MD相关数据分析的一些思考和疑问
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万能的虫友大家好！ 我最近在对模拟的轨迹进行分析时，产生这样一个问题:通常我们模拟的时间在100ns这个量级，这对于2fs/step来说，产生的轨迹文件将特别大，所以我们采用了500（或5000）step/frame的输出，但是这样就会导致一个采样是否合理的问题。 所以我想跟大家交流一下，大家是如何处理这一对矛盾的？ 发自小木虫Android客户端 |
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理论上来说，肯定是数据越多越好，采样也越合理，但是考虑到实际情况，每隔一定时间步输出也是合理的，例如计算温度压强什么的。 发自小木虫Android客户端 |
2楼2017-04-01 18:12:55
3楼2017-04-27 10:49:13
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合理不合理自己判断，下面是对于平衡体系抽样的经验性基本要求。 1.最好能给出系统的某个关心对象的弛豫时间，比如说你研究大分子，可以用RG来衡量，计算其时间关联函数，你可以得到一个e^(-t/tau)的参数，让指数上取-1，可以算的tau的大小。 那么抽样的时长最好要有100tau的跨度，否则抽样不充分 此外，你的计算资源如果足够多，两个抽样间隔时长，最好大于tau，这样抽样可以满足无关联性。不过，对于分子体系一般做不到，这种情况，满足抽样充分就行啦。 比如你可以这样算，总模拟时长200tau，想抽5000个样本，这样你就知道抽样间隔是多少步啦 |
4楼2017-04-27 12:54:15