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雪野千树新虫 (小有名气)
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gromacs可以做蛋白与蛋白质之间的分子动力学吗？
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如题，我有两个106个残基组成的蛋白质，我对接后可以用gromacs来跑分子动力学吗？如果可以的话，和小分子与蛋白质之间的分子动力学有什么不同？ 发自小木虫IOS客户端 |
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2楼2017-10-20 18:00:39
3楼2017-10-20 18:00:47
雪野千树
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4楼2017-10-20 18:08:03
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5楼2017-10-20 18:46:59
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6楼2017-10-20 18:53:21
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gmx做小分子需要自己添加小分子的力场参数，比较麻烦一点。粗糙一点可以用ambertools做，精细些可以先用高斯算、然后再用ambertools。得到的文件还要用acpype转成gmx格式，并手动修改一点，以便使用。 发自小木虫Android客户端 |
7楼2017-10-20 22:51:42
hclwonder
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8楼2017-10-20 22:53:54