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opls-aa力场文件计算的torsion问题
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如题,由于找不到Tinker,就发到Gromacs了,但是调用的力场都是opls-aa,恳请大神指教 用Tinker调用opls-aa力场计算苯甲醇,苯环的C,H选 atom 90 48 CA "Aromatic C" 6 12.011 3 charge -0.1150 atom 91 49 HA "Aromatic H-C" 1 1.008 1 charge +0.1150 CH2OH的OH选 atom 96 5 OH "Alcohol -OH" 8 15.999 2 charge -0.6830 atom 97 7 HO "Alcohol -OH" 1 1.008 1 charge +0.4180 CH2的H选 atom 85 46 HC "Alkane H-C" 1 1.008 1 charge +0.060 CH2OH中的CH2的C应该选160吧看环境,但是总电荷不为0,选161就等于0 atom 160 13 CT "Benzyl Alcohol -CH2OH" 6 12.011 4 charge +0.200 atom 161 13 CT "Benzyl Alcohol -CHROH" 6 12.011 4 charge +0.260 不知道该怎么选? 还有个问题,不论选160还是161,都提示无法计算,缺少torsion Undefined Torsional Parameters : Type Atom Names Atom Classes Torsion 3-CA 4-CA 12-CT 15-OH 48 48 13 5 Torsion 5-CA 4-CA 12-CT 15-OH 48 48 13 5 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation 请问这个torsion数据可以在哪里找?难道这么简单的苯甲醇opls-aa都不能算吗?新手求教了 谢谢了 |
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