24小时热门版块排行榜    

查看: 1253  |  回复: 6

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

[求助] NAMD自己生成小分子的psf文件时总多一个氨基酸的cooH和NH3还有CA,为什么

小分子的力场文件以及top是swiss-param生成的 下载下的小分子pdb和psf文件没有问题。
采用vmd生产psf文件时就出问题了。
实在是不知道怎么回事
求大神指点。
万分感激

文件放附件了 包括生产的top par文件以及
自个生产psf文件时的命令和结果文件
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈:小木虫仅提供交流平台,不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布,如果其内容涉及到知识产权问题,其责任在于用户本人,如对版权有异议,请联系邮箱:xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : SAM.rar
  • 2016-03-17 18:38:13, 12.2 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
2楼2016-03-21 14:42:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
3楼2016-03-21 14:43:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
4楼2016-03-21 14:44:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
5楼2016-03-21 14:44:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

怎么会出现这种情况呢?
只回复一次却出现了好多次
6楼2016-03-21 14:45:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

排骨仙科研

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by supertype at 2016-03-21 14:44:30
经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误 ...

您好 我用swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure与先前生成的蛋白的psf合并生成最后的psf以及pdb文件时,总是出现错误 想问一下你有没有这种情况
7楼2016-11-10 09:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 supertype 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科系统bug了,是不是要放榜了? +6 kynobel 2026-09-16 7/350 2026-09-18 08:26 by llionlee007
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:30 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-18 01:54 by cITaGg3p5edr
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-18 00:28 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:15 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 4/200 2026-09-17 06:26 by k06BKNblrGRH
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 05:38 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 05:16 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:04 by k06BKNblrGRH
[公派出国] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-17 03:52 by k06BKNblrGRH
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-17 03:16 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-16 22:26 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-16 14:36 by i3KBRD19ERkG
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-16 03:14 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 06:50 by 5BDX0d0WFp7t
信息提示
请填处理意见