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NAMD自己生成小分子的psf文件时总多一个氨基酸的cooH和NH3还有CA,为什么
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小分子的力场文件以及top是swiss-param生成的 下载下的小分子pdb和psf文件没有问题。 采用vmd生产psf文件时就出问题了。 实在是不知道怎么回事 求大神指点。 万分感激 文件放附件了 包括生产的top par文件以及 自个生产psf文件时的命令和结果文件 |
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2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
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6楼2016-03-21 14:45:36
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经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
2楼2016-03-21 14:42:59
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经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
3楼2016-03-21 14:43:32
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经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
4楼2016-03-21 14:44:17
