| 查看: 1236 | 回复: 6 | |||
[求助]
NAMD自己生成小分子的psf文件时总多一个氨基酸的cooH和NH3还有CA,为什么
|
|
小分子的力场文件以及top是swiss-param生成的 下载下的小分子pdb和psf文件没有问题。 采用vmd生产psf文件时就出问题了。 实在是不知道怎么回事 求大神指点。 万分感激 文件放附件了 包括生产的top par文件以及 自个生产psf文件时的命令和结果文件 |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : SAM.rar
2016-03-17 18:38:13, 12.2 K
» 猜你喜欢
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有3人回复
-
我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？
已经有3人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
国自然评审意见
已经有15人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有13人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有14人回复
-
系统查不到
已经有11人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
2楼2016-03-21 14:42:59
|
经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
3楼2016-03-21 14:43:32
|
经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
4楼2016-03-21 14:44:17
|
经过几天的摸索，终于整明白了。 这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时，会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明，和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER. 所以在小分子top文件的最后一行（END之前）要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。 最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。 以上供大家参考！ |
5楼2016-03-21 14:44:30
6楼2016-03-21 14:45:36
7楼2016-11-10 09:28:09
