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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

[求助] NAMD自己生成小分子的psf文件时总多一个氨基酸的cooH和NH3还有CA,为什么

小分子的力场文件以及top是swiss-param生成的 下载下的小分子pdb和psf文件没有问题。
采用vmd生产psf文件时就出问题了。
实在是不知道怎么回事
求大神指点。
万分感激

文件放附件了 包括生产的top par文件以及
自个生产psf文件时的命令和结果文件
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
2楼2016-03-21 14:42:59
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
3楼2016-03-21 14:43:32
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捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
4楼2016-03-21 14:44:17
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误。如果小分子的top文件没有特别声明,和蛋白质一起生成psf文件是后多出一个NTER和CTER.
所以在小分子top文件的最后一行(END之前)要添加“patching firs non last none”就不会出现上述问题。
最简单的做法是先生成蛋白或者DNA/RNA复合物的psf 文件。与swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure生成最后的psf以及pdb文件即可。
以上供大家参考!
5楼2016-03-21 14:44:30
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supertype

捐助贵宾 (初入文坛)

怎么会出现这种情况呢?
只回复一次却出现了好多次
6楼2016-03-21 14:45:36
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排骨仙科研

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by supertype at 2016-03-21 14:44:30
经过几天的摸索,终于整明白了。
这里我们使用top_all27_prot-lipid.inp时这里文件里面是默认定义了多肽链的NTER和CTER的。生成蛋白质的psf文件是没问题的。但有小分子作为ligand出现在独立的一条链时,会出现错误 ...

您好 我用swissparam生成的小分子的psf文件通过vmd的merge structure与先前生成的蛋白的psf合并生成最后的psf以及pdb文件时,总是出现错误 想问一下你有没有这种情况
7楼2016-11-10 09:28:09
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