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Pangs银虫 (初入文坛)
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[求助]
新手学习有关拉伸的问题，相关的拉伸方向不会设置，求指点！
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怎么让拉伸方向变成两个组的连线的方向啊？或者说是怎么设置pull_vec？如果用改用distance的拉伸方式的话会不会要求设置较大的盒子啊 pull = yes pull_ngroups = 2 pull_ncoords = 1 pull_group1_name = Chain_A pull_group2_name = Chain_B pull_coord1_type = umbrella ; harmonic biasing force pull_coord1_geometry = direction-periodic ; simple distance increase pull_coord1_groups = 1 2 pull_coord1_vec = 0 -1 0 pull_coord1_rate = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns pull_coord1_k = 300 ; kJ mol^-1 nm^-2 pull_coord1_start = yes ; define initial COM dist |
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