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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber计算自由能分解时报错：DecompError: Mismatch in number of decomp terms!
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)

[求助] amber计算自由能分解时报错：DecompError: Mismatch in number of decomp terms! 已有1人参与

虫友们，我在计算自由能分解时遇到这样的错误：
File "/home/amber/amber14/bin/MMPBSA.py", line 105, in <module>
    app.write_final_outputs()
  File "/home/amber/amber14/bin/MMPBSA_mods/main.py", line 643, in write_final_outputs
    self.normal_system, self.mutant_system, self.mut_str, self.pre)
  File "/home/amber/amber14/bin/MMPBSA_mods/output_file.py", line 761, in write_decomp_binding_output
    pb_bind.parse_all()
  File "/home/amber/amber14/bin/MMPBSA_mods/amber_outputs.py", line 2141, in _parse_all_csv
    self._parse_all_begin()
  File "/home/amber/amber14/bin/MMPBSA_mods/amber_outputs.py", line 1985, in _parse_all_begin
    raise DecompError('Mismatch in number of decomp terms!')
DecompError: Mismatch in number of decomp terms!
Exiting. All files have been retained.

我的输入的参数文件如下：
Pairwise PB decomposition
&general
   endframe=1, interval=1,
/
&pb
  istrng=0.100,
  inp=2, radiopt=0,
  linit=1000000,
/
&decomp
  idecomp=2, print_res="20",
  dec_verbose=3,
/

idecomp设置为1和2时，都会报出这样的错误。请教一下大家，这个如何破？谢谢！
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用心做一切
1楼 2015-06-22 21:32:12
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aa7899379

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

Mismatch in number of decomp terms!
就是说print_res="20"这一句有问题，应该包括蛋白和配体各自的需要输出分解能量的残基，例如蛋白残基序列为1-100，配体为101，那么应该为print_res="20，101"。
举的例子为蛋白与小分子配体的模型，如果是蛋白与蛋白相互作用，也需要做类似的改动。
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岸芷汀蓝冰
2楼2015-07-07 11:23:39
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by aa7899379 at 2015-07-07 11:23:39
Mismatch in number of decomp terms!
就是说print_res="20"这一句有问题，应该包括蛋白和配体各自的需要输出分解能量的残基，例如蛋白残基序列为1-100，配体为101，那么应该为print_res="20，101& ...

谢谢~

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用心做一切
3楼2015-07-07 16:07:47
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therotyonth

金虫 (正式写手)
不知道你这个问题解决没有呀？
我个人感觉是你的frame选的太少了，这个计算本来是做平均的，你只选了一个的话，感觉不太合适，如果测试的话，就我的习惯是选择10frame。
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岸芷汀蓝冰
4楼2015-07-16 09:14:44
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by therotyonth at 2015-07-16 09:14:44
不知道你这个问题解决没有呀？
我个人感觉是你的frame选的太少了，这个计算本来是做平均的，你只选了一个的话，感觉不太合适，如果测试的话，就我的习惯是选择10frame。

解决啦！谢谢！

[ 发自小木虫客户端 ]
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用心做一切
5楼2015-07-16 22:19:46
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therotyonth

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 岸芷汀蓝冰 at 2015-07-16 22:19:46
解决啦！谢谢！
...

这个是怎么解决的呀？能分享一下不？
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6楼2015-07-18 20:55:20
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仙女Shasha

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 岸芷汀蓝冰 at 2015-07-16 22:19:46
解决啦！谢谢！
...

你好啊，你知不知道把internal分解成bond,angle,tors怎么弄啊
赞一下 回复此楼
7楼2016-12-07 19:23:03
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仙女Shasha

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 仙女Shasha at 2016-12-07 19:23:03
你好啊，你知不知道把internal分解成bond,angle,tors怎么弄啊...

跪求解答，被导师嫌弃了因为这个啊、，哎，心累
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8楼2016-12-07 19:35:40
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