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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【转帖】用Amber+Gaussian做小分子力场
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mingzezhong

铁杆木虫 (著名写手)
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422925楼: Originally posted by 御剑江湖 at 2011-04-07 19:31:22
用Amber+Gaussian做小分子力场，不是我的研究领域，不过阅读此篇文章，发现不错，转载给此研究领域的虫子们。。。

第一步：生成小分子模板
蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的，但是很多模拟过程会涉及配 ...

"gaussian计算的输入文件可以用antechamber程序直接生成，生成后去掉其中关于几何优化的参数即可将小分子优化后的结构存储为mol2各式，上传到工作目录，用antechamber程序生成gaussian输入文件，命令如下：
antechamber -i 49.mol2 -fi mol2 -o 49.in -fo gzmat"

没理解错的话，你是用antechamber 以小分子的mol2文件生成了，高斯输入文件，保留输入文件的坐标，做成mol2文件，然后再用antechamber生成高斯输入文件。不理解你为什么要把高斯输入文件弄成mol2之后再生成一次高斯输入文件是为什么？ 楼主可以解释下吗，为什么不直接用第一次生成的高斯输入文件，而要再保存一次mol2这样做有什么用意
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just...
11楼2012-10-24 19:26:32
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主这篇帖子太好了，对于做药物模拟的人非常有用，本人最近就在学习如何用amber处理docking出来的结果计算binding energy。帖子中提到的atom name的问题，其实可以gaussian来解决，花的时间可能差不多，但一个是手动调，一个是机器算
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12楼2013-03-19 17:47:10
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)
精华帖，受益匪浅
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13楼2013-04-08 22:47:10
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wl507586
送红花一朵
14楼2013-07-03 08:48:00
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zhuyufeifei

新虫 (小有名气)
送红花一朵
好东西！！谢谢楼主
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15楼2013-12-03 16:07:44
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by xd200620940 at 2011-04-11 19:30:47
因为之前只用GROMACS，对AMBER了解不多。最近GROMACS将AMBER力场包含了进来，对于配体小分子的转化在网站的教程中也给出了一个方案（但没有实例）。

根据该教程提到的方案，可以采用ACPYPE + ANTECHAMBER得到 ...

您好！请问您那有关于制备小分子amber力场参数prepi文件的介绍吗？谢谢
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
16楼2014-05-20 11:11:36
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sijifengsd

银虫 (小有名气)
真的不错
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似水年华
17楼2016-11-02 09:55:20
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