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新虫 (初入文坛)

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[求助] gromacs对水的非平衡MD模拟

想请教两个问题：
1，在模拟非平衡MD时，文献资料上采用了NVT系综作为分析目的。问题是：在预平衡NVT.mdp和NPT.mdp需要写如( Non-equilibrium MD stuff =)的参数吗？
2，
; Non-equilibrium MD stuff =
acc-grps                = Water
accelerate             =0.1 0.0 0.0
freezegrps             = SOL
freezedim             = Y Y Y
cos-acceleration    = 0.1
deform                   =?(怎么填or要不要填)
我采用的是256个水分子模拟，不知道参数这样写对吗?
希望老师们给予指点，带我飞！

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现实支撑梦想

1楼 2016-11-10 15:53:09

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