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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求问gromacs里有什么命令可以计算分子数量随时间的变化？
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浅爱123

新虫 (初入文坛)

[求助] 求问gromacs里有什么命令可以计算分子数量随时间的变化？ 已有1人参与

求问各位大神们，gromacs里有什么命令可以计算分子数量随时间的变化？@oxox6085
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1楼 2016-05-11 17:20:23
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浅爱123

新虫 (初入文坛)
自己顶一个，求帮助呀～

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2楼2016-05-11 18:30:24
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G、sir

木虫 (小有名气)
g_select

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3楼2016-05-12 09:07:03
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
关键要看你要算什么

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4楼2016-05-12 09:07:38
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浅爱123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by G、sir at 2016-05-12 09:07:38
关键要看你要算什么

我想算0<z<3nm间水分子的数量变化，用g_select语法要怎么写呢

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5楼2016-05-13 17:33:40
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

看下-h，可以直接规定范围的resname SOL and z<0.3 and z>0

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6楼2016-05-13 18:02:18
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浅爱123

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by G、sir at 2016-05-13 18:02:18
看下-h，可以直接规定范围的resname SOL and z<0.3 and z>0

我输入resname SOL and z<0.3 and z>0之后，按ctrl+d，但没办法保存，这是为什么呀？

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7楼2016-05-13 19:12:23
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G、sir

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 浅爱123 at 2016-05-13 19:12:23
我输入resname SOL and z<0.3 and z>0之后，按ctrl+d，但没办法保存，这是为什么呀？
...

g_select -f npt.trr -s npt.tpr -n index.ndx -select "resname CL and z>0 and z<0" -os npt.xvg

多看看教程
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8楼2016-05-13 23:40:28
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