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peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 小白提问:如何制作小肽链的pdb文件?

已知一条肽链的氨基酸序列,如何制备肽链的pdb?

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白鸿明

木虫 (正式写手)

2楼2015-11-11 00:20:52
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白鸿明

木虫 (正式写手)

要是你敢写,找一个pdb文件,写字板打开。你自己新建写字板、之后按着序列写了。之后改扩展名.pdb就ok

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3楼2015-11-11 00:21:55
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peng660

新虫 (小有名气)

谢谢各位,已经找到办法了,用mutate脚本,很方便!

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4楼2015-11-13 17:37:07
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yangeryuer

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by peng660 at 2015-11-13 17:37:07
谢谢各位,已经找到办法了,用mutate脚本,很方便!

怎么做到呢?能分享下吗?多谢多谢啊
5楼2016-02-24 17:08:43
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

6楼2016-02-26 18:15:37
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peng660

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangeryuer at 2016-02-24 17:08:43
怎么做到呢?能分享下吗?多谢多谢啊...

首先要有力场的top文件,然后用tcl脚本,namd教程里有相关介绍

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7楼2016-04-04 01:35:47
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douwenhui

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by peng660 at 2015-11-13 17:37:07
谢谢各位,已经找到办法了,用mutate脚本,很方便!

你好 麻烦能告诉我一下您的过程吗?

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8楼2016-04-04 21:33:02
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peng660

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by douwenhui at 2016-04-04 21:33:02
你好 麻烦能告诉我一下您的过程吗?
...

请参照namd教程psfgen部分

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9楼2016-07-22 16:38:23
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