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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小白提问：如何制作小肽链的pdb文件？
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peng660

新虫 (小有名气)

[求助] 小白提问：如何制作小肽链的pdb文件？

已知一条肽链的氨基酸序列，如何制备肽链的pdb？

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1楼 2015-11-10 23:55:54
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白鸿明

木虫 (正式写手)
DS可以做到吧～

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2楼2015-11-11 00:20:52
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白鸿明

木虫 (正式写手)
要是你敢写，找一个pdb文件，写字板打开。你自己新建写字板、之后按着序列写了。之后改扩展名.pdb就ok

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3楼2015-11-11 00:21:55
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peng660

新虫 (小有名气)
谢谢各位，已经找到办法了，用mutate脚本，很方便！

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4楼2015-11-13 17:37:07
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yangeryuer

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by peng660 at 2015-11-13 17:37:07
谢谢各位，已经找到办法了，用mutate脚本，很方便！

怎么做到呢？能分享下吗？多谢多谢啊
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5楼2016-02-24 17:08:43
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吴丰旭

金虫 (小有名气)
amber里面的xleap可做

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6楼2016-02-26 18:15:37
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peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yangeryuer at 2016-02-24 17:08:43
怎么做到呢？能分享下吗？多谢多谢啊...

首先要有力场的top文件，然后用tcl脚本，namd教程里有相关介绍

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7楼2016-04-04 01:35:47
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douwenhui

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by peng660 at 2015-11-13 17:37:07
谢谢各位，已经找到办法了，用mutate脚本，很方便！

你好 麻烦能告诉我一下您的过程吗？

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8楼2016-04-04 21:33:02
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peng660

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by douwenhui at 2016-04-04 21:33:02
你好 麻烦能告诉我一下您的过程吗？
...

请参照namd教程psfgen部分

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9楼2016-07-22 16:38:23
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