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NAMD 生成立方水体时，出现问题。
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第一次跟着教程学习 NAMD 生成立方水体时，怎么都是错误。 option1? 这是指软件包solvate的某项设置有问题吗？ 求教  >Main< (1-1-build) 7 % package require solvate 1.5 >Main< (1-1-build) 8 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile><option1?> <option2?>... Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>... to just create a water box Info) Options: Info) -o <output prefix> (data will be written to output.psf/output.pdb) Info) -s <segid prefix> (should be either one or two letters; default WT) Info) -b <boundary> (minimum distance between water and solute, default 2.4) Info) -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}} Info) -rotate (rotate molecule to minimize water volume) Info) -rotsel <selection> (selection of atoms to check for rotation) Info) -rotinc <increment> (degree increment for rotation) Info) -t <pad in all directions> (override with any of the following) Info) -x <pad negative x> Info) -y <pad negative y> Info) -z <pad negative z> Info) +x <pad positive x> Info) +y <pad positive y> Info) +z <pad positive z> Info) The following options allow the use of solvent other than water: Info) -spsf <solventpsf> (PSF file for nonstandard solvent) Info) -spdb <solventpdb> (PDB file for nonstandard solvent) Info) -stop <solventtop> (Topology file for nonstandard solvent) Info) -ws <size> (Box length for nonstandard solvent) Info) -ks <keyatom> (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)  捕获.PNG  捕获-2.PNG  捕获-3.PNG |
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别出现这种菜鸟错误了。。。 
MS_Z2楼2016-07-02 23:29:16
3楼2016-07-04 02:10:59
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