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可乐白面包

新虫 (小有名气)

[求助] NAMD 生成立方水体时,出现问题。

第一次跟着教程学习
NAMD 生成立方水体时,怎么都是错误。
option1?
这是指软件包solvate的某项设置有问题吗?
求教

>Main< (1-1-build) 7 % package require solvate
1.5
>Main< (1-1-build) 8 % solvate ubq.psf ubq.pdb –t 5 –o ubq_wb
Info) Usage: solvate <psffile> <pdbfile><option1?> <option2?>...
Info) Usage: solvate <option1?> <option2?>...  to just create a water box
Info) Options:
Info)     -o <output prefix> (data will be written to output.psf/output.pdb)
Info)     -s <segid prefix> (should be either one or two letters; default WT)
Info)     -b <boundary> (minimum distance between water and solute, default 2.4)
Info)     -minmax {{xmin ymin zmin} {xmax ymax zmax}}
Info)     -rotate (rotate molecule to minimize water volume)
Info)     -rotsel <selection> (selection of atoms to check for rotation)
Info)     -rotinc <increment> (degree increment for rotation)
Info)     -t <pad in all directions> (override with any of the following)
Info)     -x <pad negative x>
Info)     -y <pad negative y>
Info)     -z <pad negative z>
Info)     +x <pad positive x>
Info)     +y <pad positive y>
Info)     +z <pad positive z>
Info)     The following options allow the use of solvent other than water:
Info)       -spsf <solventpsf> (PSF file for nonstandard solvent)
Info)       -spdb <solventpdb> (PDB file for nonstandard solvent)
Info)       -stop <solventtop> (Topology file for nonstandard solvent)
Info)       -ws <size> (Box length for nonstandard solvent)
Info)       -ks <keyatom> (Atom occuring once per residue for nonstandard solvent)

NAMD 生成立方水体时,出现问题。
捕获.PNG


NAMD 生成立方水体时,出现问题。-1
捕获-2.PNG


NAMD 生成立方水体时,出现问题。-2
捕获-3.PNG
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可乐白面包

新虫 (小有名气)

根据教程跑完两次模拟了
开森~~~

之所以出现上述问题,是因为:
输入的命令错误,
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq_wb
-应该是连接符,而copy出来的命令变成了短划线–。

大家引以为戒别出现这种菜鸟错误了。。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-07-02 23:29:16
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送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 可乐白面包 at 2016-07-02 23:29:16
根据教程跑完两次模拟了
开森~~~

之所以出现上述问题,是因为:
输入的命令错误,
solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq_wb
-应该是连接符,而copy出来的命令变成了短划线–。

...

谢谢分享~

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-07-04 02:10:59
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