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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问能不能用matlab读取gromacs软件的计算结果（比如说.xtc格式的文件）
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 请问能不能用matlab读取gromacs软件的计算结果（比如说.xtc格式的文件） 已有1人参与

各位大侠：
         请问能不能用matlab读取gromacs软件的计算结果（比如说.xtc格式的文件），先谢了！！
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1楼 2016-06-12 22:37:34
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+2, ★有帮助, 谢谢提示！ 2016-06-13 22:32:06
Yes, I think it's possible. Why not show a sample data and tell others how would you like to analyze the data?
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2楼2016-06-13 22:25:36
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jianjunjiang: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-06-14 16:24:58
不行，xtc文件是具有特定格式的二进制文件，matlab没有相应的插件没法读。

通常自编程处理（fortran, c++)的做法是先编译一个读取xtc文件的库，然后在处理数据的程序中调用这个库，具体参见
http://www.gromacs.org/Developer ... g_Guide/XTC_Library
http://manual.gromacs.org/online/xtc.html

还有一种方法是用分子模拟处理数据的软件比如VMD或者MDAnalysis，它们可以读取xtc文件，然后你可以调这些软件里的命令进行数据分析。

如果你非要用matlab，需要先用gromacs 里的trjconv命令把xtc文件转化成非二进制文件的格式比如gro或者pdb，然后再用matlab读取。
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3楼2016-06-14 15:19:21
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