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Gromacs/Amber/NAMD
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Gromacs
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源资公司举办2015年第三届AMBER培训班,中大,5.29~31号,欢迎参加!!!
(
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)
(评阅-50)
(53/1260)
爱吃粉丝的猫
2015-04-29
2015-04-29 20:18:36
by
小木鸭
[
Gromacs
]
[已完结]
NAMD tutorial出错
(3/1008)
qbin1304
2013-01-09
2015-04-27 09:38:47
by
gn02530640
[
Gromacs
]
[已完结]
G03计算RESP出错
(9/1459)
zhengpc3505
2012-04-10
2015-04-27 07:30:14
by
namediablo1
[
Gromacs
]
[已完结]
可否给解释一下这到底是什么?
(评阅+1)
(0/252)
白玉浴血
2015-04-25
2015-04-25 16:42:28
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
谁计算过蛋白活性口袋体积随模拟时间的变化
(
1
2
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4
5
)
(评阅+1)
(41/2804)
未央伯爵
2015-04-21
2015-04-24 12:25:48
by
未央伯爵
[
Gromacs
]
【求助】NAMD求助
(
1
2
)
(10/1539)
sunnuan
2011-03-29
2015-04-22 17:04:46
by
sexybook
[
Gromacs
]
[已完结]
如何修改分子文件或者力场文件?
(1/1645)
hc8850
2015-04-15
2015-04-22 16:59:50
by
176286641cc
[
Gromacs
]
[已完结]
截断半径的选取
(评阅+1)
(7/2400)
十年磨练
2015-04-21
2015-04-22 09:55:20
by
十年磨练
[
Gromacs
]
[已完结]
如何用VMD中Nanotube Builder生成石墨烯pdb和psf文件,并适合CHARMM力场
(评阅+1)
(2/2103)
万岁子郎
2014-12-08
2015-04-22 05:50:50
by
塞外寒梅
[
Gromacs
]
[已完结]
请问如何生成碳纳米管或者石墨烯的itp文件?
(评阅+1)
(1/1099)
lingogo
2015-04-18
2015-04-21 02:18:38
by
jerkwin
[
Gromacs
]
[已完结]
如何将amber的轨迹文件mdcrd格式转换成gromacs的轨迹文件格式 trr呢
(评阅+1)
(5/4150)
zjahu
2014-05-21
2015-04-20 07:47:38
by
chenhang07
[
Gromacs
]
[已完结]
amber如何终止模拟过程
(评阅+1)
(1/449)
飘渺青莲
2015-04-11
2015-04-19 22:15:53
by
lrf1980
[
Gromacs
]
[已完结]
Amber 怎么查看任务计算进展
(评阅+1)
(3/772)
高敏WXP
2015-03-23
2015-04-19 22:07:42
by
lrf1980
[
Gromacs
]
[已完结]
关于编程获得 截角八面体 金纳米颗粒 的模型结构
(6/1484)
飘飞1
2013-08-05
2015-04-19 12:27:25
by
chenxj2013
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs 怎么生成or怎么获取 含有非标准原子硼的小分子力场文件(例如苯硼酸)
(评阅+1)
(3/879)
tbw258
2015-04-11
2015-04-17 21:35:20
by
tbw258
[
Gromacs
]
MS生成的石墨烯和纳米管导出后使用vmd的问题
(评阅+1)
(3/1442)
nufang19a
2011-06-03
2015-04-17 12:25:08
by
tobetheone
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs做膜蛋白如何调整膜的位置
(评阅+1)
(5/914)
Paris7081
2015-04-15
2015-04-16 12:46:18
by
jerkwin
[
Gromacs
]
[已完结]
mdp文件中约束算法的设置
(评阅+1)
(0/453)
吉米爱多
2015-04-14
2015-04-14 18:26:18
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
opls力场里opls_199的原子类型是什么?
(评阅+1)
(4/1174)
吉米爱多
2015-04-09
2015-04-13 12:34:43
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
模拟完成后的分析问题
(评阅+1)
(1/407)
玖月之殇
2015-04-13
2015-04-13 11:26:43
by
visualization
[
Gromacs
]
[已完结]
求大神帮忙得到一个分析方法,拜托!拜托!!!
(
1
2
)
(评阅+1)
(10/961)
白玉浴血
2015-04-08
2015-04-12 11:27:36
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs新人求助
(评阅+1)
(0/320)
Terra白骨精
2015-04-10
2015-04-10 20:43:50
by
Terra白骨精
[
Gromacs
]
GROMACS命令g_hbond 命令 -ac出来的的.xvg文件怎么看
(2/2132)
好好学习444
2015-03-25
2015-04-08 10:58:09
by
xunweiyang
[
Gromacs
]
[已完结]
请问怎样得到甲醇的力场呢?
(评阅+1)
(6/1093)
白玉浴血
2015-03-30
2015-04-07 21:25:07
by
dkgmx
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中mdp文件的编写
(评阅+1)
(0/2504)
十年磨练
2015-04-07
2015-04-07 15:31:19
by
十年磨练
[
Gromacs
]
VMD显示方式调整
(评阅+2)
(1/4113)
兰S水晶
2015-04-04
2015-04-06 10:26:58
by
broken1999
[
Gromacs
]
[已完结]
运行NAMD出现错误
(评阅+1)
(5/679)
红颜不美
2015-03-25
2015-04-05 14:00:18
by
红颜不美
[
Gromacs
]
[已完结]
pdb2gmx执行效率这么慢?
(评阅+1)
(0/610)
王小妞_haha
2015-04-03
2015-04-03 07:37:21
by
王小妞_haha
[
Gromacs
]
[已完结]
求第三方编译的win版Gromacs!
(评阅+1)
(9/1728)
hzfish
2015-03-31
2015-04-02 14:33:21
by
crane5388
[
Gromacs
]
[已完结]
请问amber计算精度如何?
(评阅+1)
(2/651)
岸芷汀蓝冰
2015-04-01
2015-04-02 13:30:58
by
岸芷汀蓝冰
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
写拓扑文件
(评阅+1)
(0/496)
迷失的自我
2015-03-31
2015-03-31 14:46:43
by
迷失的自我
[
Gromacs
]
[已完结]
FATAL:Atom .R<VAL 231>.A<HN 17> does not have a type.MD时出现问题
(评阅+1)
(0/585)
ygyxyz89
2015-03-31
2015-03-31 09:32:35
by
ygyxyz89
[
Gromacs
]
[已完结]
GROMACS中distance restraint
(7/1523)
happy_ellen
2013-10-10
2015-03-27 09:53:31
by
michelle5210
[
Gromacs
]
[已完结]
如何用gromacs的指令计算 两个helix的交叉角 crossing angle?
(2/402)
3115321
2015-03-24
2015-03-26 18:33:31
by
3115321
[
Gromacs
]
[已完结]
如何判断两个药物小分子进入口袋内的能力,最好用amber实现!
(2/554)
lilanying
2015-03-26
2015-03-26 15:49:13
by
lilanying
[
Gromacs
]
[已完结]
求AppA蛋白里配体FMN的力场文件或相关文献
(0/192)
lifeisall
2015-03-25
2015-03-25 10:14:21
by
lifeisall
[
Gromacs
]
[已完结]
amber做NPT过程盒子变小的问题
(评阅+1)
(0/916)
amin0241
2015-03-23
2015-03-23 06:24:29
by
amin0241
[
Gromacs
]
[已完结]
2段不同轨迹的RMSD图怎么在同一张图中显示?谢谢
(0/733)
1142634328
2015-03-22
2015-03-22 22:56:25
by
1142634328
[
Gromacs
]
[已完结]
求助
(评阅+1)
(1/403)
hc8850
2015-03-18
2015-03-22 09:43:22
by
suimin21
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,完成有丰厚报酬。
(评阅+1)
(3/628)
hc8850
2015-03-19
2015-03-20 11:04:25
by
hc8850
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs中的top文件
(
1
2
)
(评阅-2)
(16/3690)
youngfi
2013-04-20
2015-03-19 17:03:36
by
youngfi
[
Gromacs
]
[已完结]
急,求助 the all-atom CHARMM27 force field 是否适用于无水环境
(评阅+1)
(5/963)
yylcx
2015-03-17
2015-03-18 18:26:51
by
yylcx
[
Gromacs
]
[已完结]
用AMBER做蛋白-小分子模拟,在预热阶段遇到的奇怪问题
(评阅+1)
(0/303)
jackymiao
2015-03-17
2015-03-17 03:58:25
by
jackymiao
[
Gromacs
]
[已完结]
请问学习gromacs需要自己编写程序,如果要自己学习,有什么资料可以给推荐下呗!
(0/362)
白玉浴血
2015-03-16
2015-03-16 10:49:25
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
咨询一个关于Amber的问题,谢谢
(评阅+1)
(4/631)
126406380
2015-01-26
2015-03-13 16:03:10
by
therotyonth
[
Gromacs
]
[已完结]
隐式水溶液不能用NPT吗
(1/532)
tonylee33
2015-03-13
2015-03-13 11:21:07
by
lsloneil
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs
(评阅+1)
(4/822)
Cythera
2015-01-17
2015-03-13 11:13:47
by
Cythera
[
Gromacs
]
[已完结]
MFCC分子碎片共轭帽方法和蛋白质的极化电荷PPC怎么拟合
(1/455)
keke_1210
2015-03-11
2015-03-12 16:09:57
by
cesc_xiaofa
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 添加盒子形状
(2/2042)
364123299
2015-03-09
2015-03-11 21:47:06
by
364123299
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
有关amber
(0/272)
chemmtf
2015-03-10
2015-03-10 15:11:48
by
chemmtf
[
Gromacs
]
想去参加AMBER培训班!在上海!找个能一起分担三天房租的人!
(
1
2
)
(11/1192)
英英丽人
2015-02-05
2015-03-09 18:40:56
by
cesc_xiaofa
[
Gromacs
]
[已完结]
如何更改gromacs源代码
(评阅+1)
(3/1497)
迷失的自我
2015-03-03
2015-03-05 01:14:54
by
wbn
[
Gromacs
]
[已完结]
求教:gromacs中怎么加入酸?
(1/595)
水月笼沙
2015-02-27
2015-03-03 22:41:21
by
badercao
[
Gromacs
]
[已完结]
请教在namd中计算Target MD 的问题
(0/688)
yulilan
2015-03-03
2015-03-03 22:10:58
by
yulilan
[
Gromacs
]
gromacs模拟血红蛋白的问题
(评阅+1)
(0/435)
namediablo1
2015-02-25
2015-02-25 19:17:51
by
namediablo1
[
Gromacs
]
[已完结]
做完gromacs后怎么做分子表面静电势图?谢谢。
(评阅+1)
(6/1142)
1142634328
2015-02-09
2015-02-12 09:01:12
by
1142634328
[
Gromacs
]
[已完结]
求助高人帮我进行分子动力学模拟,急等!!!
(0/445)
好大一盘棋
2015-02-10
2015-02-10 17:13:55
by
好大一盘棋
[
Gromacs
]
[已完结]
请教Gromacs的压力耦合参数设置的一个问题,谢谢!
(评阅+1)
(1/689)
zhangmao511
2015-02-04
2015-02-06 15:01:12
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
谁能看一下这个动力学跑了10ns 为啥蛋白被拉长了
(评阅+1)
(0/431)
hzh887
2015-02-04
2015-02-04 13:17:10
by
hzh887
[
Gromacs
]
[已完结]
Fatal error
(评阅+1)
(2/500)
xiaoyunLau
2015-02-03
2015-02-04 11:45:50
by
xiaoyunLau
[
Gromacs
]
cuda版的namd好像没有传说中的那么厉害。
(6/1872)
superdirac
2011-07-21
2015-02-01 16:04:34
by
wangkai_TYUT
[
Gromacs
]
[已完结]
fatal error
(评阅+1)
(3/782)
sunriseliulu
2015-01-28
2015-01-31 13:28:47
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
ubuntu安装do_dssp出错了,请问怎么办,谢谢
(评阅+1)
(0/635)
1142634328
2015-01-30
2015-01-30 23:28:02
by
1142634328
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:请问Gromacs里如何添加SiO2?
(评阅+1)
(2/618)
吉米爱多
2015-01-22
2015-01-30 09:37:30
by
吉米爱多
[
Gromacs
]
[已完结]
安装grace 的步骤,不甚感激
(
1
2
)
(评阅+1)
(10/2833)
1142634328
2015-01-25
2015-01-27 22:12:15
by
1142634328
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs做分子动力学模拟,如何把底物分子固定住啊
(评阅+1)
(4/1657)
870277182
2015-01-20
2015-01-27 17:38:48
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
求助Amber10安装过程中所需的Inter编译器部件
(评阅+1)
(0/367)
scusmf
2015-01-27
2015-01-27 16:12:31
by
scusmf
[
Gromacs
]
[已完结]
蛋白质-药物复合物模拟时添加抗衡离子"SOL"出问题了
(
1
2
)
(评阅+2)
(12/2867)
_蝶飞
2014-01-14
2015-01-27 15:43:04
by
wholevigour
[
Gromacs
]
[已完结]
请问各位大神Gromacs或者NAMD是否能模拟带晶体水分子的体系
(评阅+1)
(0/208)
日月魂明
2015-01-26
2015-01-26 17:14:53
by
日月魂明
[
Gromacs
]
[已完结]
请问有人做NPT模拟的吗?要怎样才能得到浓度的变化曲线呢
(评阅+1)
(1/365)
白玉浴血
2015-01-26
2015-01-26 16:17:31
by
白玉浴血
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么用Gromacs或者Pymol将.mol2文件转化为.pdb文件?
(评阅+1)
(5/3753)
hc8850
2015-01-23
2015-01-25 08:55:45
by
hc8850
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs里关于截断半径的一个问题,谢谢!!
(
1
2
)
(评阅+1)
(模拟EPI+1)
(13/3620)
zhangmao511
2015-01-19
2015-01-24 22:15:35
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
请问遇到下面问题怎么办,谢谢
(评阅+1)
(4/1260)
1142634328
2015-01-23
2015-01-24 16:55:57
by
1142634328
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,加力场的时候出现了氢原子识别错误
(0/973)
xunweiyang
2015-01-23
2015-01-23 19:02:43
by
xunweiyang
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs里文献上提到的一个问题,谢谢!!
(2/597)
zhangmao511
2015-01-21
2015-01-23 10:24:42
by
zhangmao511
[
Gromacs
]
[已完结]
amber中跑完的结果放在gromacs中跑可以吗?
(5/1414)
anyachan
2015-01-20
2015-01-23 09:30:51
by
anyachan
[
Gromacs
]
[已完结]
用gromacs时,遇到下面问题怎么办,我是新手,麻烦说具体点,谢谢
(1/832)
1142634328
2015-01-21
2015-01-22 16:52:23
by
fangsteel
[
Gromacs
]
[已完结]
amber MD过程中出现的问题 求各位大神解答
(7/1907)
lingogo
2013-03-08
2015-01-22 12:51:51
by
therotyonth
[
Gromacs
]
[已完结]
求质心,粗粒化后的参数获取
(
1
2
)
(10/2360)
Leliel
2013-07-30
2015-01-22 12:50:58
by
guyun007
[
Gromacs
]
[已完结]
Gromacs 做教程1 水中溶菌酶时,npt压力不是1个大气压。
(2/1163)
guoxinw
2015-01-02
2015-01-20 15:11:53
by
awaken2013
[
Gromacs
]
[已完结]
VMD 统计某个分子周围水分子数目随时间的变化
(9/4115)
xiaoyingw
2011-10-18
2015-01-19 08:13:35
by
xwwjd
[
Gromacs
]
[已完结]
有关计算MMPBSA的问题
(评阅+1)
(0/549)
anran19888
2015-01-18
2015-01-18 16:12:33
by
anran19888
[
Gromacs
]
[已完结]
请问做胶束分子模拟的时候,那些立场参数都是从哪里得来的呢?
(1/235)
白玉浴血
2014-12-18
2015-01-17 22:20:28
by
231645
[
Gromacs
]
分子模拟时间越长越好吗?
(评阅+1)
(模拟EPI+9)
(44/16327)
奋斗1s
2011-06-30
2015-01-17 06:27:24
by
背包旅客
[
Gromacs
]
【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
(6/2965)
patent
2011-03-09
2015-01-16 12:33:20
by
背包旅客
[
Gromacs
]
[已完结]
分子动力学模拟“边界问题”含义
(
1
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)
(评阅+1)
(10/3191)
lmyiop
2014-03-01
2015-01-16 08:11:02
by
菜菜瓜瓜虫虫
[
Gromacs
]
[已完结]
gromacs pull的问题!10金币
(评阅+6)
(7/1527)
3115321
2013-12-11
2015-01-14 12:06:55
by
wpl324
[
Gromacs
]
[已完结]
关于MS和GROMACS文件转换的问题
(评阅+1)
(8/2326)
孜孜--
2014-09-15
2015-01-13 16:39:40
by
georgexuz
[
Gromacs
]
[已完结]
求助gromacs高手~~~急!Orz~
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1
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)
(评阅+1)
(12/2038)
笨笨猫123
2015-01-07
2015-01-10 13:19:46
by
awaken2013
[
Gromacs
]
Ubuntu 下自动安装gromacs
(11/4273)
奋斗1s
2011-05-30
2015-01-09 10:25:42
by
刚果红
[
Gromacs
]
amber计算中,对对象做SMD以后,如何表示配体周围的水密度变化
(9/1522)
白云鹤TJY
2013-08-23
2015-01-08 12:57:44
by
keke_1210
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,完成有丰厚报酬。
(评阅+1)
(9/1641)
hc8850
2015-01-04
2015-01-07 19:17:14
by
wbf3ng
[
Gromacs
]
[已完结]
怎么得到分子动力学模拟的RMSD啊?最近急用、
(评阅+1)
(6/2025)
hc8850
2015-01-05
2015-01-07 13:01:54
by
hc8850
[
Gromacs
]
[已完结]
求助:gromacs怎样进行REMD的计算?
(评阅+1)
(4/2471)
moye1991
2014-05-29
2015-01-05 12:01:34
by
小小刘亚男
[
Gromacs
]
[已完结]
[关贴]
在求AMBER14
(4/904)
atmdd
2014-12-29
2015-01-04 11:19:23
by
smutao
[
Gromacs
]
[已完结]
求助,gromacs跑nve能量为神马不恒定?
(2/656)
明月照清渠
2014-12-29
2014-12-31 19:40:35
by
明月照清渠
[
Gromacs
]
[已完结]
有没有办法使用 Packmol 取代Material Studio来缩盒子?(NAMD前处理用)
(4/1598)
gn02530640
2014-12-30
2014-12-31 12:01:23
by
gn02530640
[
Gromacs
]
[已完结]
antechamber 小分子力场 加氢的问题
(0/1440)
efeyer
2014-12-30
2014-12-30 21:25:18
by
efeyer
[
Gromacs
]
[已完结]
求助mmpbsa的问题,最后没有输出文件。
(3/1037)
lingogo
2013-12-24
2014-12-29 07:42:56
by
上官若轩
[
Gromacs
]
用什么软件处理namd跑出来的dcd文件
(9/1989)
476992939
2012-03-13
2014-12-25 22:25:33
by
zhaoshuxin12
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