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anyachan木虫 (小有名气)
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amber中跑完的结果放在gromacs中跑可以吗？ 已有1人参与
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是这样的，我用amber中amber99SB力场跑完的结果可以在gromacs中再跑吗？如果可以需要怎么处理吗？ 因为在gromacs打算加膜，用gromos力场，所以有残基名不识别，HIE要改为HIS这样，请问需要怎么修改啊？谢谢！ |
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 MDs-Gromacs |
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3楼2015-01-22 21:25:44
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磷脂力场非常多。要考虑两个问题，一个是兼容什么力场，一个是兼容什么程序（否则得自己编写参数或拓扑文件，略麻烦点）。以下是我以前随便写的磷脂力场的总结（如果你在gmx里用amber力场模拟，用slipids为宜）： Gromos96：rtp本身自带了DPPC参数，结果不好。 CHARMM27及改进版CHARMM36c：专门且常用的膜力场。 Glycam06：支持了少数磷脂分子，非主流。 GAFF：GAFF力场没有膜的参数，直接用在膜模拟效果不好。 Lipid11(2012)：Skjevik提出的膜力场，作为amber系列力场的扩展，参数来自GAFF，几种头部（PC,PE,PS,PH,P2,PGR,PGS,PI）和几种尾部可以自由搭配（模块化）组成磷脂，还支持胆固醇，完全兼容amber力场，leap已支持。非主流。Dickson(2012)的GAFFlipid力场只是一个阶段性的膜力场，将会被融合进Lipid11。 Berger(1997)：联合原子膜力场。成键参数基于GROMOS87，LJ参数基于OPLS-UA，适合搭配Gromos87，很常用也很好，几乎是唯一致命的问题在于不直接兼容Gromos96，若搭配OPLSAA需要很留神。虽然也有一些人结合Gromos96来模拟膜蛋白，但终究比较古怪，需谨慎。原文只给出了DPPC的参数，后来又有人基于此弄了其它磷脂的。Berger本身没直接提供参数和拓扑文件，Peter Tieleman基于Berger的参数制作了DPC、POPC、DPPC、DMPC、DLPC、DOPC、PLPC、POPE的itp文件，都需要lipid.itp中的参数，可以在这里下载：http://wcm.ucalgary.ca/tieleman/downloads G43A1-S3 (2006)：Chiu弄的兼容Gromos43A1的膜力场。支持PC/PE/sphingomyelin和cholesterol。此力场的POPC不建议使用。 *Kukol(2009)：完全兼容Gromos96 G53A6的膜力场，烷烃链是联合原子，结果很好，和Berger相仿佛，弥补了它不支持Gromos96的遗憾。拓扑文件从原文的补充材料里得到。包含DPPC、DMPC、POPG、POPC、DMPC的参数。此力场的POPC不建议使用。 *DAVID POGER(2010)：完全兼容gromos96 G53A6的膜力场。JCC的文章中只提出了DPPC的参数，JCTC的文章中还提出了DLPC、DMPC、DOPC、POPC的参数。网址和gmx的拓扑文件：http://compbio.chemistry.uq.edu.au/~david/research/lipids.htm Stockholm lipids (Slipids) (2012)：Jambeck弄的全原子膜力场。兼容amber。支持DPPC、DLPC、DMPC、POPC、DOPC、SOPC、POPE、DOPE、sphingomylin、PG和PS头部集团、胆固醇。gromacs的拓扑文件和预平衡的结构从这里下：http://people.su.se/~jjm/Stockholm_Lipids/Downloads.html MARTINI：粗粒化。网址和gmx的拓扑文件：http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/downloads ==== |
4楼2015-01-22 23:58:03
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5楼2015-01-23 00:00:45
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非常感谢，我用的是Berger搭配gromos53a6,参考的是网上的这个教程：http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... _protein/index.html 一直在纠结用那个力场哪个软件的。还打算继续用这个，应该可以吧，虽然上边说比较古怪。。。 |
6楼2015-01-23 09:30:51
