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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 咨询一个关于Amber的问题，谢谢
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126406380

金虫 (著名写手)

[求助] 咨询一个关于Amber的问题，谢谢 已有2人参与

我的复合物中的小分子是含有Br,Cl原子，在经过优化以后，Br原子变成了B，Cl变为了C，请问知道的告诉我一下，谢谢。如何修正。
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成功是一种标志
1楼 2015-01-26 09:21:01
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wx3266626

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
126406380: 金币+2, ★有帮助, 在sybyl中准备，然后在amber中加载bcc电荷 2015-01-31 08:41:06
你是怎么进行优化的？
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2楼2015-01-30 14:44:50
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B612

铁虫 (小有名气)
没看懂你的问题
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3楼2015-01-30 17:05:56
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英英丽人

铜虫 (小有名气)
源资科技主办 “2015年首届Amber培训班 ”
时间：3.28-30日
地点：华东师范大学中山北路校区
课程安排详见http://www.tri-ibiotech.com/?p=37&a=view&r=321
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-13 11:23:08
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therotyonth

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

pdb文件关于那几个原子的格式错误，导致leap读取的时候出错，修正pdb文件即可。

[ 发自小木虫客户端 ]
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5楼2015-03-13 16:03:10
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