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cfmzxf84木虫 (正式写手)
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[求助]
求助AMBER10的安装指导，拜托各位，感谢
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准备好了AMBER10和AMBERTOOL按网上的教程折腾AMBER10安装，总是有问题。对Linux的操作也不熟悉，希望能有坛友帮助一下，万分感谢 QQ，电话都行 |
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chaizhm(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢~ 2012-02-21 19:54:52
cfmzxf84(金币+30): ★★★很有帮助 很详细，谢谢~ 但是我操作中总是有问题 2012-02-22 09:08:53
cfmzxf84(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-22 09:09:11
chaizhm(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢~ 2012-02-21 19:54:52
cfmzxf84(金币+30): ★★★很有帮助 很详细，谢谢~ 但是我操作中总是有问题 2012-02-22 09:08:53
cfmzxf84(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-22 09:09:11
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1． 安装第一步 (1)把Amber10.tar.bz2和AmberTools-1.2.tar.bz2的文件拷贝到 /usr/local/ #cp –rf /mnt/cdrom/ Amber10.tar.bz2 /usr/local/ #cp –rf /mnt/cdrom/ AmberTools-1.2.tar.bz2 /usr/local/ (2)把AMBER10和AmberTools解压到/usr/local/amber10 (把Amber10和AmberTools解压到同一个目录 /local/amber10) #tar –xjvf Amber10.tar.bz2 #tar –xjvf AmberTools-1.2.tar.bz2 (3)设置环境变量 #vi /root/.bashrc AMBERHOME=/usr/local/amber10 export AMBERHOME 保存并重启 (source /root/.bashrc) 2．打上bugfix.all补丁 (到http://amber.scripps.edu下载) (1)把bugfix.all拷贝到/usr/local/amber10目录下面 #cp –rf bugfix.all /usr/local/amber10 (2) #cd $AMBERHOME #patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfix.all 3．安装INTEL编译器 (intelforton_9.1.039.tar.gz (l_cc_p_10.1.015.tar.gz)和intelc++com.tar.gz (l_fc_p_10.1.015.tar.gz)) #tar –zxvf intelforton_9.1.039.tar.gz;tar –zxvf intelc++com.tar.gz 分别进到解压文件里执行 #./install.sh ；按说明一步一步安装，默认安装在/opt/intel (一). l_cc_p_10.1.015.tar.gz的安装 (1). ./install.sh 然后选择 1， 进行安装 (2). 选择2提供license文件，也就是NCOM_L_CMP_CPP_NZCR-6RV6C7NZ.lic (3). Typical install (4). Type “accept” to accept license (5). 连续点击 Enter, 指定安装目录为默认目录 (6). 安装 Debugger for application, 安装完成 (二). l_fc_p_10.1.015.tar.gz 的安装 (NCOM_L_CMP_FOR_N3KT-S8S8XRSM.lic) (1)-(5) 与上面相同，(6). 不再安装 Debugge. 选择 2, 然后选择 X , 安装完成。 4．设置编译器环境 #vi /root/.bashrc (在前面的AMBERHOME的基础上加入两行) source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.sh source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.sh 保存并重启系统 (source /root/.bashrc) 5．进入AMBERHOME/src (先安装AmberTools,再安装Amber10) #cd $AMBERHOME/src #./configure_at gcc (create a configuration file, config.h) #make -f Makefile_at (安装AmberTools的过程) #./configure_amber ifort_ia32 (create a configuration file, config_amber.h) #make serial (compile everything, this is an installation process) 6．测试基本的AMBER #cd $AMBERHOME/test #make test.serial > testserial 8．安装并行环境 (1) ./configure_amber -lamsource ifort (ifort_ia32,根据具体情况选择) (2) ./configure_lam (这步自动将自带的lam-7.1.3装上,FAQ: http://www.lam-mpi.org,费时) (3). make clean (4) make parallel (安装完毕) 9. 设置环境变量 (1) vi /root/.bashrc (把之前的变量也都加进来) AMBERHOME=/usr/local/amber10 export AMBERHOME source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.sh source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.sh export PATH=$PATH:/usr/local/amber10/exe export PATH=$PATH:/usr/local/amber10/dat/leap/cmd 保存该文件 (在后续使用中，可能还需要添加以下信息： export PATH=$PATH:/usr/local/grace/bin export MMTSBDIR=/usr/local/mmtsb_toolset export PATH=$PATH:$MMTSBDIR/perl:$MMTSBDIR/bin ) (2) source .bashrc (使之生效) |
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2楼2012-02-21 17:23:28
arthurii
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