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紫漠残星木虫 (正式写手)
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[求助]
amber10 MD输入文件
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| 请问用amber模拟一个酶和一个小分子配体的MD输入文件如何编写？可否有个输入文件的例子让我参考下？谢谢了 |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
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能量最小化： Initial minimisation of our structures &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, cut=10, ntb=1, / 加热： &cntrl nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500, tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0, ntb=1, ntp=0, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end MD： # Control section &cntrl nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500, tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858, ntb=2, ntp=1, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end 根据你自己的需要，再进行修改吧. 新手上路，也挺不容易 |
2楼2012-12-18 14:00:06
紫漠残星
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4491.2
- 红花: 1
- 帖子: 400
- 在线: 98.2小时
- 虫号: 1406959
- 注册: 2011-09-18
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-12-18 17:09:48
4楼2012-12-18 21:30:39