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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » amber10 MD输入文件
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紫漠残星

木虫 (正式写手)

[求助] amber10 MD输入文件

请问用amber模拟一个酶和一个小分子配体的MD输入文件如何编写？可否有个输入文件的例子让我参考下？谢谢了
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努力，不放弃
1楼 2012-12-18 12:05:28
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紫漠残星

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2012-12-18 14:00:06
能量最小化：
Initial minimisation of our structures
&cntrl
  imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500,
  cut=10, ntb=1,
/

加热：
&cntrl
nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, nt ...

请问下  模拟一个分子和模拟两个分子的MD输入文件有什么区别么？谢谢了
赞一下 回复此楼
努力，不放弃
3楼2012-12-18 17:09:48
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
能量最小化：
Initial minimisation of our structures
&cntrl
  imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500,
  cut=10, ntb=1,
/

加热：
&cntrl
nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500,
tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0,
ntb=1, ntp=0,
ntc=2, ntf=2,
nrespa=1,
cut = 10.0,
&end

MD：
# Control section
&cntrl
nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500,
tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858,
ntb=2, ntp=1,
ntc=2, ntf=2,
nrespa=1,
cut = 10.0,
&end


根据你自己的需要，再进行修改吧.

新手上路，也挺不容易
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2楼2012-12-18 14:00:06
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
紫漠残星: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢了 2012-12-18 21:42:59
输入文件可以是一样的，
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-18 21:30:39
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