| 查看: 835 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
紫漠残星木虫 (正式写手)
|
[求助]
amber10 MD输入文件
|
|
| 请问用amber模拟一个酶和一个小分子配体的MD输入文件如何编写？可否有个输入文件的例子让我参考下？谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
建议基金发布提前给出明确的时间点
已经有14人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有5人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有17人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有15人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有5人回复
-
跳槽后在研项目怎么办？
已经有10人回复
-
什么时候开奖？
已经有10人回复
-
今天放榜吗？
已经有16人回复
-
93BebMhtakh前后11位开头都是大写
已经有8人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有26人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 学amber tutorial 遇到参数文件无法产生，急求答案
已经有4人回复
- AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
已经有6人回复
- Amber10作业正常提交，但是无".mdcrd"和".rst"结果文件生成
已经有4人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- 求助AMBER10的安装指导，拜托各位，感谢
已经有7人回复
- 新手想知道如何用Amber做蛋白质分子固定某两个或多个氨基酸距离的MD计算
已经有4人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）
已经有11人回复
- 【讨论】（急！！）如何用AMBER模拟RNA/DNA，关键是怎么处理输入文件！！
已经有3人回复
- 【求助】amber10安装，有关MKL和blas库的疑问
已经有3人回复
紫漠残星
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4491.2
- 红花: 1
- 帖子: 400
- 在线: 98.2小时
- 虫号: 1406959
- 注册: 2011-09-18
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-12-18 17:09:48
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
|
能量最小化： Initial minimisation of our structures &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, cut=10, ntb=1, / 加热： &cntrl nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500, tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0, ntb=1, ntp=0, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end MD： # Control section &cntrl nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500, tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858, ntb=2, ntp=1, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end 根据你自己的需要，再进行修改吧. 新手上路，也挺不容易 |
2楼2012-12-18 14:00:06
4楼2012-12-18 21:30:39
40