| 查看: 726 | 回复: 3 | |||
紫漠残星木虫 (正式写手)
|
[求助]
amber10 MD输入文件
|
| 请问用amber模拟一个酶和一个小分子配体的MD输入文件如何编写？可否有个输入文件的例子让我参考下？谢谢了 |
回复此楼» 猜你喜欢
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有4人回复
-
酰胺脱乙酰基
已经有9人回复
-
CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优
已经有5人回复
-
有70后还继续奋斗在职场上的吗？
已经有6人回复
-
博士延得我，科研能力直往上蹿
已经有7人回复
-
退学或坚持读
已经有27人回复
-
面上基金申报没有其他的参与者成吗
已经有5人回复
-
遇见不省心的家人很难过
已经有22人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 学amber tutorial 遇到参数文件无法产生，急求答案
已经有4人回复
- AMBER MMPBSA 计算时建立prmtop文件问题
已经有6人回复
- Amber10作业正常提交，但是无".mdcrd"和".rst"结果文件生成
已经有4人回复
- 求助如何生成有机物Amber的输入文件，无PDB文件。
已经有4人回复
- 求助AMBER10的安装指导，拜托各位，感谢
已经有7人回复
- 新手想知道如何用Amber做蛋白质分子固定某两个或多个氨基酸距离的MD计算
已经有4人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】md跑几百步之后out文件出现NaN（无报错）
已经有11人回复
- 【讨论】（急！！）如何用AMBER模拟RNA/DNA，关键是怎么处理输入文件！！
已经有3人回复
- 【求助】amber10安装，有关MKL和blas库的疑问
已经有3人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-18 15:37:19
|
能量最小化： Initial minimisation of our structures &cntrl imin=1, maxcyc=1000, ncyc=500, cut=10, ntb=1, / 加热： &cntrl nstlim=25000, dt=0.002, ntx=1, irest=0, ntpr=500, ntwr=500,ntwx=500, tempi=10, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=1, tautp=2.0, ntb=1, ntp=0, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end MD： # Control section &cntrl nstlim=1500000, dt=0.002, ntx=5, irest=1, ntpr=1000, ntwr=500,ntwx=500, tempi=298.15, temp0=298.15, dtemp=10.0, ntt=3, gamma_ln=1, ig=2858, ntb=2, ntp=1, ntc=2, ntf=2, nrespa=1, cut = 10.0, &end 根据你自己的需要，再进行修改吧. 新手上路，也挺不容易 |
2楼2012-12-18 14:00:06
紫漠残星
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 4491.2
- 红花: 1
- 帖子: 400
- 在线: 98.2小时
- 虫号: 1406959
- 注册: 2011-09-18
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2012-12-18 17:09:48
4楼2012-12-18 21:30:39