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cfmzxf84

木虫 (正式写手)

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[求助] 求助AMBER10的安装指导，拜托各位，感谢

准备好了AMBER10和AMBERTOOL按网上的教程折腾AMBER10安装，总是有问题。对Linux的操作也不熟悉，希望能有坛友帮助一下，万分感谢
QQ，电话都行

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chenjiao208

lao7

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1楼 2012-02-15 11:24:27

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sunmuer

木虫 (小有名气)

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专业: 化学

如果你的操作系统是RHEL，或者CENTOS，建议安装intel编译器，这个装好以后，基本后面的就没有什么大问题了。如果有问题，你也应该把具体的问题贴上来看看

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出清水而不染

4楼2012-03-05 16:02:50

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紫漠残星

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
chaizhm(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢~ 2012-02-21 19:54:52
cfmzxf84(金币+30): ★★★很有帮助很详细，谢谢~ 但是我操作中总是有问题 2012-02-22 09:08:53
cfmzxf84(金币+5): ★★★很有帮助 2012-02-22 09:09:11

1．安装第一步
(1)把Amber10.tar.bz2和AmberTools-1.2.tar.bz2的文件拷贝到 /usr/local/
#cp –rf /mnt/cdrom/ Amber10.tar.bz2 /usr/local/
#cp –rf /mnt/cdrom/ AmberTools-1.2.tar.bz2 /usr/local/
(2)把AMBER10和AmberTools解压到/usr/local/amber10 (把Amber10和AmberTools解压到同一个目录 /local/amber10)
#tar –xjvf Amber10.tar.bz2
#tar –xjvf AmberTools-1.2.tar.bz2
(3)设置环境变量
#vi /root/.bashrc
AMBERHOME=/usr/local/amber10
export AMBERHOME
保存并重启 (source /root/.bashrc)
2．打上bugfix.all补丁 (到http://amber.scripps.edu下载)
(1)把bugfix.all拷贝到/usr/local/amber10目录下面
#cp –rf bugfix.all /usr/local/amber10
(2) #cd $AMBERHOME
#patch -p0 -N -r patch-rejects < bugfix.all
3．安装INTEL编译器 (intelforton_9.1.039.tar.gz (l_cc_p_10.1.015.tar.gz)和intelc++com.tar.gz (l_fc_p_10.1.015.tar.gz))
#tar –zxvf intelforton_9.1.039.tar.gz;tar –zxvf intelc++com.tar.gz
分别进到解压文件里执行
#./install.sh ；按说明一步一步安装，默认安装在/opt/intel
(一). l_cc_p_10.1.015.tar.gz的安装
(1). ./install.sh 然后选择 1，进行安装
(2). 选择2提供license文件，也就是NCOM_L_CMP_CPP_NZCR-6RV6C7NZ.lic
(3). Typical install
(4). Type “accept” to accept license
(5). 连续点击 Enter, 指定安装目录为默认目录
(6). 安装 Debugger for application, 安装完成

(二). l_fc_p_10.1.015.tar.gz 的安装 (NCOM_L_CMP_FOR_N3KT-S8S8XRSM.lic)
(1)-(5) 与上面相同，(6). 不再安装 Debugge. 选择 2, 然后选择 X , 安装完成。

4．设置编译器环境
#vi /root/.bashrc  (在前面的AMBERHOME的基础上加入两行)
source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.sh
source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.sh
保存并重启系统 (source /root/.bashrc)
5．进入AMBERHOME/src    (先安装AmberTools,再安装Amber10)
#cd $AMBERHOME/src
#./configure_at gcc    (create a configuration file, config.h)
#make -f Makefile_at          (安装AmberTools的过程)
#./configure_amber ifort_ia32 (create a configuration file, config_amber.h)
#make serial                (compile everything, this is an installation process)
6．测试基本的AMBER
#cd $AMBERHOME/test
#make test.serial > testserial
8．安装并行环境
(1) ./configure_amber -lamsource ifort (ifort_ia32,根据具体情况选择)
(2) ./configure_lam (这步自动将自带的lam-7.1.3装上,FAQ: http://www.lam-mpi.org,费时)
(3). make clean
(4) make parallel  (安装完毕)
9. 设置环境变量
(1) vi /root/.bashrc (把之前的变量也都加进来)
AMBERHOME=/usr/local/amber10
export AMBERHOME
source /opt/intel/fc/10.1.015/bin/ifortvars.sh
source /opt/intel/cc/10.1.015/bin/iccvars.sh
export PATH=$PATH:/usr/local/amber10/exe
export PATH=$PATH:/usr/local/amber10/dat/leap/cmd
保存该文件
(在后续使用中，可能还需要添加以下信息：
export PATH=$PATH:/usr/local/grace/bin
export MMTSBDIR=/usr/local/mmtsb_toolset
export PATH=$PATH:$MMTSBDIR/perl:$MMTSBDIR/bin )
(2) source .bashrc (使之生效)

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