| 查看: 1861 | 回复: 15 | ||
fanghongmei金虫 (初入文坛)
|
[求助]
PBS脚本的编写问题 已有2人参与
|
|
|
大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）这个教程，但是我发现这里面的PBS脚本没办法运行，脚本如下： #PBS -l ncpus=16 #PBS -l walltime=500:00:00 #PBS -l cput=2000:00:00 #PBS -j oe setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9 cd ~rcw/initial_heating mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd gzip -9 heat1.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd gzip -9 heat2.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd gzip -9 heat3.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd gzip -9 heat4.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd gzip -9 heat5.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd gzip -9 heat6.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd gzip -9 heat7.mdcrd echo "DONE" 想请问大家一下，应该怎样编写适合自己程序运行的脚本呢？在编写脚本的过程中需要指出输入文件、输出文件的路径吗？（我所用的软件是amber10） 还有cd ~rcw/initial_heating，这一行代表的是什么意思呢？ 本人刚刚接触amber一段时间，很多东西都不懂，还请路过的高手们不吝赐教，不胜感激！  |
回复此楼» 猜你喜欢
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有5人回复
-
081700，311，求调剂
已经有15人回复
-
一志愿北京化工085600 310分求调剂
已经有18人回复
-
材料与化工371求调剂
已经有14人回复
-
336材料与化工085600求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有18人回复
-
331求调剂
已经有8人回复
-
332求调剂
已经有17人回复
-
一志愿南京航空航天大学 材料与化工329分求调剂
已经有4人回复
-
材料专硕322
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 一个PBS脚本同时运行多个任务
已经有6人回复
- 如何让pbs脚本提交时，跳过一些节点！
已经有5人回复
- Vasp用PBS提交的批处理脚本~~~~~
已经有6人回复
- 关于PBS的一个问题
已经有5人回复
- pbs怎么查看已完成作业ID，及其路径？
已经有9人回复
- BASH脚本的一个小问题
已经有3人回复
- 采用PBS脚本第一次提交任务，算了1步就被杀死，有错误提示但不知道原因？
已经有19人回复
- PBS脚本如何编译？
已经有5人回复
- 遇到实验室有些同学不按章程用集群怎么办？
已经有41人回复
- 求：用PBS脚本提交MS任务具体步骤
已经有4人回复
- PBS脚本提交后Error
已经有11人回复
- PBS中资源的选择#PBS -l nodes=...
已经有5人回复
- pbs脚本可否提交新的pbs脚本任务？
已经有5人回复
- PBS 主服务无法启动
已经有8人回复
- 如何编写PBS作业的脚本？
已经有14人回复
- ubuntu10.10 中脚本求助
已经有4人回复
- 【求助】如何写命令
已经有6人回复
- 【求助/交流】PBS的作用
已经有8人回复
- 【转帖】PBS安装
已经有11人回复
老曼7
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 5876.9
- 散金: 227
- 红花: 4
- 帖子: 506
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 1941783
- 注册: 2012-08-16
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2014-03-05 10:12:02
iamthinking
铁杆木虫 (正式写手)
浪客琴心
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 9202.6
- 红花: 5
- 帖子: 371
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 1400522
- 注册: 2011-09-13
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2014-03-04 20:51:50
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
3楼2014-03-05 08:37:08
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-03-05 14:51:48
iamthinking
铁杆木虫 (正式写手)
浪客琴心
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 9202.6
- 红花: 5
- 帖子: 371
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 1400522
- 注册: 2011-09-13
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
6楼2014-03-05 17:43:54
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
7楼2014-03-05 20:02:28
iamthinking
铁杆木虫 (正式写手)
浪客琴心
- 应助: 31 (小学生)
- 金币: 9202.6
- 红花: 5
- 帖子: 371
- 在线: 145.7小时
- 虫号: 1400522
- 注册: 2011-09-13
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
8楼2014-03-05 23:11:14
老曼7
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 5876.9
- 散金: 227
- 红花: 4
- 帖子: 506
- 在线: 109.5小时
- 虫号: 1941783
- 注册: 2012-08-16
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
9楼2014-03-06 10:49:15
fanghongmei
金虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 517.3
- 帖子: 38
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 2850242
- 注册: 2013-12-05
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
10楼2014-03-06 19:00:40
