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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » PBS脚本的编写问题
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)

[求助] PBS脚本的编写问题 已有2人参与

大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）这个教程，但是我发现这里面的PBS脚本没办法运行，脚本如下：
#PBS -l ncpus=16
#PBS -l walltime=500:00:00
#PBS -l cput=2000:00:00
#PBS -j oe
setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9
cd ~rcw/initial_heating
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd
gzip -9 heat1.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd
gzip -9 heat2.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd
gzip -9 heat3.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd
gzip -9 heat4.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd
gzip -9 heat5.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd
gzip -9 heat6.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd
gzip -9 heat7.mdcrd
echo "DONE"
想请问大家一下，应该怎样编写适合自己程序运行的脚本呢？在编写脚本的过程中需要指出输入文件、输出文件的路径吗？（我所用的软件是amber10）
还有cd ~rcw/initial_heating，这一行代表的是什么意思呢？
本人刚刚接触amber一段时间，很多东西都不懂，还请路过的高手们不吝赐教，不胜感激！
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1楼 2014-03-04 19:10:49
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-05 18:21:48
同是amber新手，也是运行不了pbs脚本，按照tutorial b1，有一个.x的脚本，其实就是把一堆命令放到一块，然后让机器去执行。你也可以试试。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-03-05 10:12:02
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普通回帖

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fanghongmei: 金币+2, ★有帮助 2014-03-05 08:34:36
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-05 18:21:33
同新手，帮顶
amber10也太古老了吧，话说马上amber14就要出了
脚本没办法运行，看一下提示的错误信息，这个脚本是在16核的机器上运行的
cd 那一句是切换目录
赞一下 回复此楼
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-03-04 20:51:50
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iamthinking at 2014-03-04 20:51:50
同新手，帮顶
amber10也太古老了吧，话说马上amber14就要出了
脚本没办法运行，看一下提示的错误信息，这个脚本是在16核的机器上运行的
cd 那一句是切换目录

谢谢啦！
没办法，学校只能用amber10
唉，入门真的很困难
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3楼2014-03-05 08:37:08
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-03-05 10:12:02
同是amber新手，也是运行不了pbs脚本，按照tutorial b1，有一个.x的脚本，其实就是把一堆命令放到一块，然后让机器去执行。你也可以试试。

谢谢啦！
这个脚本到是可以运行，但问题是我必须把所有的输入文件都放在主目录下面才可以运行，要是这些输入文件在下面的子文件中就没办法运行，而且所有的输出文件都在主目录下。请问有什么解决办法吗？
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-05 14:51:48
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★
月只蓝: 编辑内容 2014-03-05 18:22
fanghongmei: 金币+3, ★有帮助 2014-03-06 18:56:03
引用回帖:
5楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 14:51:48
谢谢啦！
这个脚本到是可以运行，但问题是我必须把所有的输入文件都放在主目录下面才可以运行，要是这些输入文件在下面的子文件中就没办法运行，而且所有的输出文件都在主目录下。请问有什么解决办法吗？...

[删除乱码]
[ 发自小木虫客户端 ]

[ Last edited by 月只蓝 on 2014-3-5 at 18:22 ]
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
6楼2014-03-05 17:43:54
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by iamthinking at 2014-03-05 17:43:54
...

删除乱码？
什么意思？不懂，可以说的具体一些吗？
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7楼2014-03-05 20:02:28
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-03-06 08:14:02
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-03-06 08:14:19
引用回帖:
7楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 20:02:28
删除乱码？
什么意思？不懂，可以说的具体一些吗？...

小木虫客户端的bug，粗线乱码了
你可以把脚本和输出文件放在一个新建的目录里面，数据处理也在里面，这样可以让主目录简洁一点，数据输出也方便
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
8楼2014-03-05 23:11:14
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 14:51:48
谢谢啦！
这个脚本到是可以运行，但问题是我必须把所有的输入文件都放在主目录下面才可以运行，要是这些输入文件在下面的子文件中就没办法运行，而且所有的输出文件都在主目录下。请问有什么解决办法吗？...

用./和../这两个命令，可以不用把文件移来移去的。

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9楼2014-03-06 10:49:15
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by iamthinking at 2014-03-05 23:11:14
小木虫客户端的bug，粗线乱码了
你可以把脚本和输出文件放在一个新建的目录里面，数据处理也在里面，这样可以让主目录简洁一点，数据输出也方便...

我就是这样做的，可是这样的话，脚本就运行不了，会有错误提醒是：输入文件读取失败。真心的觉得挺纠结的，不知道为什么
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10楼2014-03-06 19:00:40
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