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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » PBS脚本提交后Error
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fanarsenal

木虫 (正式写手)

[求助] PBS脚本提交后Error

用PBS提交任务之后，进行弛豫，一直算的好好的，可能增加k点之后内存不够用了吧。
qstat之后状态变成了E，不是R，Q……
用qdel也没法删除这个任务，其他任务也没法提到这个任务用的节点上。
求助啊……
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1楼2012-02-24 13:09:59
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回帖置顶 ( 共有1个 )

乐石||

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
zzy870720z(金币+1): 学习一下，谢谢指教 2012-02-24 17:17:49
fanarsenal: 回帖置顶 2012-02-26 19:34:27
fanarsenal(金币+1): ★★★★★最佳答案 2012-02-28 22:23:32
qdel -p jobID, 强制删除。估计内存用超了，死机了就重启下该节点。没死机的话执行pbs_mom restart
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4楼2012-02-24 14:26:14
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普通回帖

fanarsenal

木虫 (正式写手)
自己顶一个啊，在线等会儿……
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2楼2012-02-24 13:13:51
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fanarsenal

木虫 (正式写手)
谷歌了一下，
the job state:
               E -  Job        is exiting after having        run.
可是这任务光exit都有得一天多了……
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3楼2012-02-24 13:21:12
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2012-02-25 08:48:51
一般删除任务的时候有可能没有全部杀掉，找下管理员让他帮你关掉
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5楼2012-02-24 18:45:44
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fanarsenal

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liliangfang at 2012-02-24 18:45:44:
一般删除任务的时候有可能没有全部杀掉，找下管理员让他帮你关掉

在那个节点上已经没有任务在运行了，只是再提交的任务只能是Q，没法使用那个节点……管理员删掉这个任务？这应该怎么弄，自己组里的机器，只能自己搞……
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6楼2012-02-24 22:51:59
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
WDD880227(金币+1): 感谢交流提示 2012-02-25 21:38:52
引用回帖:
6楼: Originally posted by fanarsenal at 2012-02-24 22:51:59:
在那个节点上已经没有任务在运行了，只是再提交的任务只能是Q，没法使用那个节点……管理员删掉这个任务？这应该怎么弄，自己组里的机器，只能自己搞……

有时候杀死任务的时候没有真正关闭，你在终端观察是显示关闭了其实是没有，以前我也遇到过解决了，就是自己在终端进入那个节点操作，具体命令不记得了，最好找管理员帮你
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7楼2012-02-25 08:52:36
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fanarsenal

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liliangfang at 2012-02-25 08:52:36:
有时候杀死任务的时候没有真正关闭，你在终端观察是显示关闭了其实是没有，以前我也遇到过解决了，就是自己在终端进入那个节点操作，具体命令不记得了，最好找管理员帮你

我是在那个节点上使用top命令之后看到没有任务在运行，但是用pbs提新任务却只能q，没有管理员的应该肿么办……
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8楼2012-02-25 10:43:36
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乐石||

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

WDD880227(金币+1): 感谢交流提示 2012-02-25 21:39:04
fanarsenal(金币+2): ★★★很有帮助 2012-02-27 19:16:26
执行qdel -p jobID, root 权限
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9楼2012-02-25 21:15:01
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sjzxbe

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
liliangfang(金币+2): 多谢指教，楼主可以试试这个 2012-02-26 08:51:08
fanarsenal(金币+2): ★★★很有帮助 2012-02-27 19:16:41
该作业占几个节点，若仅占一个节点，(1)将此节点重启动 (2)以root用户，从管理节点或刚启动的节点进去，检查pbs_mom运行状态，建议：
  检查运行状态 /etc/init.d/pbs_mom status  
   重启服务/etc/init.d/pbs_mom restart 后，一般就可以了
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10楼2012-02-26 08:27:09
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