24小时热门版块排行榜

返回列表

【奖励】本帖被评价8次，作者顺水增加金币 6.4 个

顺水

金虫 (小有名气)

1ST强帖: 1
应助: 4 (幼儿园)
金币: 771.3
帖子: 211
在线: 44小时
虫号: 822811

[资源] 【转帖】PBS安装

PBS是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。
下面是本人安装torque的过程。
一、Torque安装
在master（管理结点上）
1、解压安装包
[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz

2、进入到解压后的文件夹
./configure --with-default-server=master
make
make install
安装完成后，将torque文件夹中的bin、sbin加入到环境变量中

3、
（1）[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup
必须是个普通用户

（2）[root@master torque-2.3.0]#make packages
把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,
torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。

（3）[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install

（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）
   加入如下内容
master  np=4
node01 np=4
.......
node09 np=4
（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。
（6）创建队列
[root@master ~]# qmgr
create queue students
set queue students queue_type = Execution
set queue students Priority = 40
set queue students resources_max.cput = 96:00:00
set queue students resources_min.cput = 00:00:01
set queue students resources_default.cput = 96:00:00
set queue students enabled = True
set queue students started = True
4、在node0x （x=1-9,计算结点上）
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install
[root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install
然后启动pbs_mom ,把pbs_mom写入/etc/rc.local
二、Torque PBS使用
1、创建用户
在master的root下
useradd test
passwd test
输入test密码
到/var/yp下make一下
2、配置普通用户的ssh
su test
cd
ssh-keygen -t dsa
cd .ssh
cat id_pub.dsa >>authorized_keys
chmod 600 authorized_keys
3、编写作业脚本
[test1@master t]vi pbsjob
#!/bin/tcsh
#PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件
#PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件
#PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核
#PBS –q students 把任务提交到students队列中
cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下（此为PBS提供的环境变量）
mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp
4、启动mpd
mpdboot -n 10 -f mfa
mfa内容：
master:4
node01:4
….
node09:4
5、提交，查询，删除作业

提交作业：qsub pbsjob

作业提交后会有一个作业号

[test1@master pbstest]$ qsub pbsjob

48.master

查询作业：qstat

[test1@master pbstest]$ qstat

Job id                            Name             User          Time Use  S       Queue

------------------------- ---------------- --------------- --------  - -------------------------------

48.master                      pbstest             test1          00:00:00 R       students

删除作业：qdel 作业号

[test1@master pbstest]$ qdel 48

回复此楼