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【转帖】PBS安装
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PBS是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。 PBS的目前包括openPBS，PBS Pro和Torque三个主要分支。 其中OpenPBS是最早的PBS系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro是PBS的商业版本，功能最为丰富。Torque是Clustering公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。 下面是本人安装torque的过程。 一、Torque安装 在master（管理结点上） 1、解压安装包 [root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz 2、进入到解压后的文件夹 ./configure --with-default-server=master make make install 安装完成后，将torque文件夹中的bin、sbin加入到环境变量中 3、 （1）[root@master torque-2.3.0]#./torque.setup （2）[root@master torque-2.3.0]#make packages 把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh, torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。 （3）[root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install [root@master torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install （4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立） 加入如下内容 master np=4 node01 np=4 ....... node09 np=4 （5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local里使其能开机自启动。 （6）创建队列 [root@master ~]# qmgr create queue students set queue students queue_type = Execution set queue students Priority = 40 set queue students resources_max.cput = 96:00:00 set queue students resources_min.cput = 00:00:01 set queue students resources_default.cput = 96:00:00 set queue students enabled = True set queue students started = True 4、在node0x （x=1-9,计算结点上） [root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install [root@node0x torque-2.3.0]# ./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install 然后启动pbs_mom ,把pbs_mom写入/etc/rc.local 二、Torque PBS使用 1、创建用户 在master的root下 useradd test passwd test 输入test密码 到/var/yp下make一下 2、配置普通用户的ssh su test cd ssh-keygen -t dsa cd .ssh cat id_pub.dsa >>authorized_keys chmod 600 authorized_keys 3、编写作业脚本 [test1@master t]vi pbsjob #!/bin/tcsh #PBS -o /home/test1/pbstest/t/output 标准输出文件 #PBS -e /home/test1/pbstest/t/error 错误输出文件 #PBS -l nodes=5:ppn=4 规定使用的节点数以及每个节点能跑多少核 #PBS –q students 把任务提交到students队列中 cd $PBS_O_WORKDIR 到工作目录下（此为PBS提供的环境变量） mpirun –machine $PBS_NODEFILE -np 20 ./vasp 4、启动mpd mpdboot -n 10 -f mfa mfa内容： master:4 node01:4 …. node09:4 5、提交，查询，删除作业 提交作业：qsub pbsjob 作业提交后会有一个作业号 [test1@master pbstest]$ qsub pbsjob 48.master 查询作业：qstat [test1@master pbstest]$ qstat Job id Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- --------------- -------- - ------------------------------- 48.master pbstest test1 00:00:00 R students 删除作业：qdel 作业号 [test1@master pbstest]$ qdel 48 |
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chuanghua304
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