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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

[求助] 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件

最近打算学下ORCA
看小卒版主的学习笔记很不错

但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？
望高人指点下~~
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
1楼 2011-07-20 15:27:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
并行，加个关键词就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4  （4核并行）
下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/share/apps/orca2.8

tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID

mkdir -p $tdir

cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir

cd $tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log

rm ${tdir}/test.inp
mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR"

rm -rf $tdir
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2楼2011-07-20 15:55:05
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普通回帖

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-20 17:21:12
tdir是计算节点上计算的路径，这个根据不同集群稍微改下就行；
其实PBS脚本文件挺好写的，把你申请的节点，核数，时间写好，再把要使用的环境变量设置好，再把提交任务的命令填上；如果你能灵活运用linux的一些命令，那这个脚本就可随你任意“折腾”了。
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3楼2011-07-20 16:09:44
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abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-20 17:21:02
我不懂ORCA，但是看到一楼的贴，不忍说两句
不要考虑什么PBS，先确定“后台提交”，就是直接，形如：（去掉变量，用绝对路径）
$orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
如果能够并行，那就行了。

因为pbs系统的话，需要安装，配置，，， 很多问题。
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Youcompleteme.
4楼2011-07-20 16:54:00
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by abdoman at 2011-07-20 16:54:00:
我不懂ORCA，但是看到一楼的贴，不忍说两句
不要考虑什么PBS，先确定“后台提交”，就是直接，形如：（去掉变量，用绝对路径）
$orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
如果能够并行，那就行 ...

别人既然在问，说明别人的集群一般自带或安装了torque.
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5楼2011-07-20 19:40:28
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abdoman

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-20 19:40:28:
别人既然在问，说明别人的集群一般自带或安装了torque.

我真没有看出来楼主问了有关PBS的问题。
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Youcompleteme.
6楼2011-07-20 22:12:25
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by abdoman at 2011-07-20 16:54:00:
我不懂ORCA，但是看到一楼的贴，不忍说两句
不要考虑什么PBS，先确定“后台提交”，就是直接，形如：（去掉变量，用绝对路径）
$orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
如果能够并行，那就行 ...

谢谢你的回答，刚把金币都给了2楼，不能追加悬赏金币了~~
你说的是一个办法，我这是集群系统
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
7楼2011-07-21 10:44:46
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-20 15:55:05:
并行，加个关键词就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4  （4核并行）
下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j o ...

另外，orca有向gauss view那样的输入输出的可视化软件吗？
初学orca，希望多向你请教~~
orca用的人太少了~~
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
8楼2011-07-21 10:47:54
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wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2011-07-21 10:47:54:
另外，orca有向gauss view那样的输入输出的可视化软件吗？
初学orca，希望多向你请教~~
orca用的人太少了~~

我们一般还是用的GV查看；做分子轨道，用orca处理得到cube文件再用GV或其他免费的软件。
至于“boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢”
这个也是能办到的，只不过这是我师兄的辛苦工作，没得到他批准，不好发出来。不过，我可以说下原理：把那脚本文件做成命令脚本，比如命名为clusterorca，放入/usr/bin/下，权限为755;最后通任务的命令：clusterorca test.inp     即可。
比如pbs脚本中的time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
在命令脚本中为time \$orcapath/orca ${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log
即在命令脚本当中，没有明确的变量前加/
用这个其实也可以，但里面还添加的有其他的。
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9楼2011-07-21 11:06:56
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 11:06:56:
我们一般还是用的GV查看；做分子轨道，用orca处理得到cube文件再用GV或其他免费的软件。
至于“boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多 ...

没有明确的变量是指与任务名称有关的吗？
非明确变量加“/”还是这个“\”
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
10楼2011-07-21 15:09:40
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