应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Turbomole/ORCA » 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
152/2返回列表上一页12
查看: 4580  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by boylc789 at 2011-07-21 15:09:40:
没有明确的变量是指与任务名称有关的吗？
非明确变量加“/”还是这个“\”

是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令脚本中为tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID
赞一下 回复此楼
11楼2011-07-21 15:56:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 15:56:16:
是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令脚本中为tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

在下愚钝

看看我这样该有啥问题，为啥还不好用？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "\$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd \$PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/home/cliu/orca_x86_64_exe_r2360

tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

mkdir -p \$tdir

cp \${PBS_O_WORKDIR}/\${jobname} \$tdir

cd \$tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time \$orcapath/orca \${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/\${preinp}.log

rm \${tdir}/\${jobname}
mv \${tdir}/\${preinp}.* \$PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : \$PBS_O_WORKDIR"

rm -rf \$tdir



这是错误信息
[cliu@cluster orca-ceshi]$ corca test2.inp
cat: $PBS_NODEFILE: No such file or directory
/home/cliu/bin/corca: line 19: cd: $PBS_O_WORKDIR: No such file or directory
cp: cannot stat `${PBS_O_WORKDIR}/${jobname}': No such file or directory
ORCA job start at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
/home/cliu/bin/corca: line 33: ${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log: No such file or directory

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
rm: cannot remove `${tdir}/${jobname}': No such file or directory
mv: cannot stat `${tdir}/${preinp}.*': No such file or directory
ORCA job finished at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR
赞一下 回复此楼
有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
12楼2011-07-22 11:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bluesxn

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wuy069 at 2011-07-20 15:55:05
并行，加个关键词就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4  （4核并行）
下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
...

orca要求每份作业单独一个存放临时文件的目录，这样处理就行了。
但是提醒下，time是shell keyword，这行其实是不会重定向运行消耗时间统计信息到log文件的。
赞一下 回复此楼
13楼2014-01-29 17:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasonmumu

新虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
14楼2018-05-31 17:47:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasonmumu

新虫 (初入文坛)
我个人在天河二号使用 ORCA 的脚本（2节点48进程）如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -n 48
#SBATCH -N 2
#SBATCH -p  xxx
#SBATCH -J orca

DIR="$( cd "$DIRNAME" && pwd)"
cd $DIR

#openmpi
export PATH=$HOME/xxx/soft/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/xxx/soft/openmpi/lib


for i in *.inp; do

$HOME/xxx/soft/orca_install/orca $i > ${i%.*}.out

done
赞一下 回复此楼
15楼2018-05-31 18:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 boylc789 的主题更新
152/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +3 CrisMessi 2026-08-18 3/150 2026-08-18 23:38 by 必须成功
[基金申请] 朋友圈看到的 +4 wangzilk 2026-08-18 5/250 2026-08-18 19:25 by wangzilk
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +51 医学老男孩 2026-08-13 110/5500 2026-08-18 19:07 by icerianxia
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +8 基诺咪客 2026-08-17 11/550 2026-08-18 17:13 by 悠然熊猫
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +9 yuleib84 2026-08-18 10/500 2026-08-18 16:52 by archvillain
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +4 Tide man 2026-08-14 5/250 2026-08-18 11:35 by Tide man
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭