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boylc789木虫 (著名写手)
独孤
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[求助]
请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
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最近打算学下ORCA 看小卒版主的学习笔记很不错 但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？ 望高人指点下~~ |
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jasonmumu
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我个人在天河二号使用 ORCA 的脚本（2节点48进程）如下： #!/bin/bash #SBATCH -n 48 #SBATCH -N 2 #SBATCH -p xxx #SBATCH -J orca DIR="$( cd "$DIRNAME" && pwd)" cd $DIR #openmpi export PATH=$HOME/xxx/soft/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$HOME/xxx/soft/openmpi/lib for i in *.inp; do $HOME/xxx/soft/orca_install/orca $i > ${i%.*}.out done |
15楼2018-05-31 18:31:01
wuy069
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【答案】应助回帖
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gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
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并行，加个关键词就行啊 PAL4 比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行） 下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例） #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V cat "$PBS_NODEFILE" ############################################################################# # -S: shell the job will run under # -o: name of the queue error filename # -j: merges stdout and stderr to the same file # -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node # -l: resources required by the job: maximun job time length ############################################################################# # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR export orcapath=/share/apps/orca2.8 tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID mkdir -p $tdir cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir cd $tdir echo "ORCA job start at" `date` time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log rm ${tdir}/test.inp mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR echo "ORCA job finished at" `date` echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR" rm -rf $tdir |
2楼2011-07-20 15:55:05
wuy069
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3楼2011-07-20 16:09:44
abdoman
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4楼2011-07-20 16:54:00
