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boylc789木虫 (著名写手)
独孤
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[求助]
请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
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最近打算学下ORCA 看小卒版主的学习笔记很不错 但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？ 望高人指点下~~ |
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wuy069
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【答案】应助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
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并行，加个关键词就行啊 PAL4 比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行） 下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例） #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V cat "$PBS_NODEFILE" ############################################################################# # -S: shell the job will run under # -o: name of the queue error filename # -j: merges stdout and stderr to the same file # -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node # -l: resources required by the job: maximun job time length ############################################################################# # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR export orcapath=/share/apps/orca2.8 tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID mkdir -p $tdir cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir cd $tdir echo "ORCA job start at" `date` time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log rm ${tdir}/test.inp mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR echo "ORCA job finished at" `date` echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR" rm -rf $tdir |
2楼2011-07-20 15:55:05
wuy069
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3楼2011-07-20 16:09:44
abdoman
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4楼2011-07-20 16:54:00
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5楼2011-07-20 19:40:28
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7楼2011-07-21 10:44:46
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我们一般还是用的GV查看；做分子轨道，用orca处理得到cube文件再用GV或其他免费的软件。 至于“boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢” 这个也是能办到的，只不过这是我师兄的辛苦工作，没得到他批准，不好发出来。不过，我可以说下原理：把那脚本文件做成命令脚本，比如命名为clusterorca，放入/usr/bin/下，权限为755;最后通任务的命令：clusterorca test.inp 即可。 比如pbs脚本中的time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log 在命令脚本中为time \$orcapath/orca ${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log 即在命令脚本当中，没有明确的变量前加/ 用这个其实也可以，但里面还添加的有其他的。 |
9楼2011-07-21 11:06:56
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