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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Turbomole/ORCA » 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

[求助] 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件

最近打算学下ORCA
看小卒版主的学习笔记很不错

但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？
望高人指点下~~
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1楼 2011-07-20 15:27:38
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by abdoman at 2011-07-20 16:54:00:
我不懂ORCA，但是看到一楼的贴，不忍说两句
不要考虑什么PBS，先确定“后台提交”，就是直接，形如：（去掉变量，用绝对路径）
$orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
如果能够并行，那就行 ...

谢谢你的回答，刚把金币都给了2楼，不能追加悬赏金币了~~
你说的是一个办法，我这是集群系统
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7楼2011-07-21 10:44:46
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-20 15:55:05:
并行，加个关键词就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4  （4核并行）
下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j o ...

另外，orca有向gauss view那样的输入输出的可视化软件吗？
初学orca，希望多向你请教~~
orca用的人太少了~~
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8楼2011-07-21 10:47:54
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 11:06:56:
我们一般还是用的GV查看；做分子轨道，用orca处理得到cube文件再用GV或其他免费的软件。
至于“boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多 ...

没有明确的变量是指与任务名称有关的吗？
非明确变量加“/”还是这个“\”
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10楼2011-07-21 15:09:40
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boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 15:56:16:
是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令脚本中为tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

在下愚钝

看看我这样该有啥问题，为啥还不好用？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "\$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd \$PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/home/cliu/orca_x86_64_exe_r2360

tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

mkdir -p \$tdir

cp \${PBS_O_WORKDIR}/\${jobname} \$tdir

cd \$tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time \$orcapath/orca \${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/\${preinp}.log

rm \${tdir}/\${jobname}
mv \${tdir}/\${preinp}.* \$PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : \$PBS_O_WORKDIR"

rm -rf \$tdir



这是错误信息
[cliu@cluster orca-ceshi]$ corca test2.inp
cat: $PBS_NODEFILE: No such file or directory
/home/cliu/bin/corca: line 19: cd: $PBS_O_WORKDIR: No such file or directory
cp: cannot stat `${PBS_O_WORKDIR}/${jobname}': No such file or directory
ORCA job start at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
/home/cliu/bin/corca: line 33: ${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log: No such file or directory

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
rm: cannot remove `${tdir}/${jobname}': No such file or directory
mv: cannot stat `${tdir}/${preinp}.*': No such file or directory
ORCA job finished at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR
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有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
12楼2011-07-22 11:11:28
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