应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Turbomole/ORCA » 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
52/1返回列表
查看: 4011  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

boylc789

木虫 (著名写手)

独孤

[求助] 请教ORCA的并行及集群上的脚本文件

最近打算学下ORCA
看小卒版主的学习笔记很不错

但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？
望高人指点下~~
回复此楼

» 猜你喜欢
有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
1楼 2011-07-20 15:27:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

boylc789

木虫 (著名写手)

独孤
引用回帖:
Originally posted by wuy069 at 2011-07-21 15:56:16:
是后者“\”。正常tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID
在命令脚本中为tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

在下愚钝

看看我这样该有啥问题，为啥还不好用？

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "\$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd \$PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/home/cliu/orca_x86_64_exe_r2360

tdir=/state/partition1/\$PBS_O_LOGNAME/\$PBS_JOBID

mkdir -p \$tdir

cp \${PBS_O_WORKDIR}/\${jobname} \$tdir

cd \$tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time \$orcapath/orca \${jobname} > \${PBS_O_WORKDIR}/\${preinp}.log

rm \${tdir}/\${jobname}
mv \${tdir}/\${preinp}.* \$PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : \$PBS_O_WORKDIR"

rm -rf \$tdir



这是错误信息
[cliu@cluster orca-ceshi]$ corca test2.inp
cat: $PBS_NODEFILE: No such file or directory
/home/cliu/bin/corca: line 19: cd: $PBS_O_WORKDIR: No such file or directory
cp: cannot stat `${PBS_O_WORKDIR}/${jobname}': No such file or directory
ORCA job start at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
/home/cliu/bin/corca: line 33: ${PBS_O_WORKDIR}/${preinp}.log: No such file or directory

real    0m0.001s
user    0m0.000s
sys     0m0.000s
rm: cannot remove `${tdir}/${jobname}': No such file or directory
mv: cannot stat `${tdir}/${preinp}.*': No such file or directory
ORCA job finished at Fri Jul 22 11:08:31 CST 2011
Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR
赞一下 回复此楼
有种相遇叫缘分；有种责任叫承诺；有份心情叫思念；有种痛苦叫煎熬；有种后悔叫错过；有种等待叫守候。
12楼2011-07-22 11:11:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
并行，加个关键词就行啊 PAL4
比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4  （4核并行）
下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例）
#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -j oe
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -l walltime=2400:00:00
#PBS -V

cat "$PBS_NODEFILE"

#############################################################################
#  -S: shell the job will run under
#  -o: name of the queue error filename
#  -j: merges stdout and stderr to the same file
#  -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node
#  -l: resources required by the job: maximun job time length
#############################################################################

# go to work dir
cd $PBS_O_WORKDIR

export orcapath=/share/apps/orca2.8

tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID

mkdir -p $tdir

cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir

cd $tdir

echo "ORCA job start at" `date`

time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log

rm ${tdir}/test.inp
mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR

echo "ORCA job finished at" `date`

echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR"

rm -rf $tdir
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-07-20 15:55:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wuy069

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-20 17:21:12
tdir是计算节点上计算的路径，这个根据不同集群稍微改下就行；
其实PBS脚本文件挺好写的，把你申请的节点，核数，时间写好，再把要使用的环境变量设置好，再把提交任务的命令填上；如果你能灵活运用linux的一些命令，那这个脚本就可随你任意“折腾”了。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-07-20 16:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abdoman

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-20 17:21:02
我不懂ORCA，但是看到一楼的贴，不忍说两句
不要考虑什么PBS，先确定“后台提交”，就是直接，形如：（去掉变量，用绝对路径）
$orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log
如果能够并行，那就行了。

因为pbs系统的话，需要安装，配置，，， 很多问题。
赞一下(1人) 回复此楼
Youcompleteme.
4楼2011-07-20 16:54:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭