| 查看: 4053 | 回复: 14 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
boylc789木虫 (著名写手)
独孤
|
[求助]
请教ORCA的并行及集群上的脚本文件
|
||
|
最近打算学下ORCA 看小卒版主的学习笔记很不错 但是没有介绍ORCA如何在linux下并行，并且如何在集群上使用，脚本文件怎么写？ 望高人指点下~~ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 科研录 |
» 猜你喜欢
关于碳量子点抗菌的研究
已经有15人回复
-
南大化学调剂
已经有11人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有221人回复
-
求助电催化剂制备，怎么在碳布表面生长PdCo合金
已经有0人回复
-
求助电催化剂制备，怎么在碳布表面生长PdCo合金
已经有0人回复
-
0703调剂
已经有2人回复
-
304求调剂
已经有3人回复
-
1
已经有14人回复
-
0703 调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教关于活泼氢的问题
已经有4人回复
- 请教一下如何处理审稿人的问题
已经有5人回复
- 请教一下大家：XRD图谱峰比较乱，没有特征峰，是什么原因？
已经有56人回复
- 请教大家一个去德国的问题
已经有9人回复
- 问一个比较弱的问题，请教大家
已经有9人回复
- 请教各位一个关于EDC/NHS偶联的问题
已经有23人回复
- 网申遇到问题，请教各位申请华威大学合作项目的同学
已经有9人回复
- 请教个长单晶的问题
已经有5人回复
- 请教存放纯 吡啶的20立方的大罐的放空管道 怎么处理？
已经有4人回复
- 请教关于不饱和聚酯树脂的一个问题
已经有12人回复
- 【ghcacj个人文集】单机环境下安装openmpi使用Orca并行运算的方法介绍
已经有12人回复
- 【求助】请教使用orca计算出的这个自旋密度图是怎么画的？
已经有5人回复
- 【原创】MS 5.0 LINUX 版小集群并行安装手记
已经有47人回复
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-07-20 16:09:44
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
gmy1990(金币+3): 2011-07-20 17:20:52
boylc789(金币+10): 非常感谢你的回答，经测试已经好用，就是每次提交任务时在脚本文件里要修改的输入文件名太多，麻烦而且容易遗漏，不知有什么解决办法，我看了，如果把那个建立临时文件加的命令删掉，会在计算时看到很多中间文件，不知能否在脚本文件中只需输入一次文件名，谢谢 2011-07-21 10:42:30
|
并行，加个关键词就行啊 PAL4 比如 ! RKS B3LYP TZVP DKH PAL4 （4核并行） 下面是pbs脚本文件：（以安装软件orca2.8装在/share/apps/下，输入文件test.inp为例） #!/bin/bash #PBS -S /bin/bash #PBS -j oe #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=2400:00:00 #PBS -V cat "$PBS_NODEFILE" ############################################################################# # -S: shell the job will run under # -o: name of the queue error filename # -j: merges stdout and stderr to the same file # -l: resources required by the job: number of nodes and processors per node # -l: resources required by the job: maximun job time length ############################################################################# # go to work dir cd $PBS_O_WORKDIR export orcapath=/share/apps/orca2.8 tdir=/state/partition1/$PBS_O_LOGNAME/$PBS_JOBID mkdir -p $tdir cp ${PBS_O_WORKDIR}/test.inp $tdir cd $tdir echo "ORCA job start at" `date` time $orcapath/orca test.inp > ${PBS_O_WORKDIR}/test.log rm ${tdir}/test.inp mv ${tdir}/test.* $PBS_O_WORKDIR echo "ORCA job finished at" `date` echo "Work Dir is : $PBS_O_WORKDIR" rm -rf $tdir |
2楼2011-07-20 15:55:05
abdoman
木虫 (著名写手)
- 应助: 56 (初中生)
- 金币: 5369.5
- 散金: 918
- 红花: 3
- 沙发: 1
- 帖子: 1321
- 在线: 451.5小时
- 虫号: 301521
- 注册: 2006-12-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-07-20 16:54:00
wuy069
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 20 (小学生)
- 金币: 7921.9
- 散金: 15
- 红花: 10
- 帖子: 506
- 在线: 549.1小时
- 虫号: 760723
- 注册: 2009-04-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2011-07-20 19:40:28
