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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

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[交流] 同一用户下安装g03 g09 结果还是不行混乱了

尽管设置了不同的变量神码的

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
      . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
# for Gaussian.03.E01
G03ROOT=/home/yin/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/home/yin/scratch/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

# for Gaussian.09.A01
# G09ROOT=/home/yin/g09
# GAUSS_EXEDIR=$G09ROOT
# GAUSS_SCRDIR=/home/yin/scratch/g09
# LD_LIBRARY_PATH=$G09ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
# PATH=$G09ROOT/:$PATH
# export G09ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

看上面代码部分

只用03 我就把09前面加上# 就像上面的只用09了就把03前面加# 09前面的#去掉

我在想  是不是可以用两个用户？

两个用户的话  如果我在user1里面提交任务  然后切换到user2  再提交任务
user1里面的任务还在运行吗？  不太懂linux的多用户

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1楼 2011-12-26 18:34:09

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coolrainbow

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nyzhaoyin(金币+1):谢谢参与

你就非得写到.bashrc里啊，写个脚本在子shell里就行了

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2楼2011-12-26 20:04:10

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nyzhaoyin

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2楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-26 20:04:10:
你就非得写到.bashrc里啊，写个脚本在子shell里就行了

求具体指点谢谢

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3楼2011-12-26 20:13:50

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coolrainbow

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

3楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2011-12-26 20:13:50:
求具体指点谢谢

你可以写个小脚本，把里面的内容分别改成03 09啥的，就能各自运行了
# rung03
export g03root="/usr/local/chemsoft"
mkdir /tmp/${PBS_JOBID}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/${PBS_JOBID}
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
cd your_path
g03 < $1 > $2
rm -rf /tmp/${PBS_JOBID}

比如叫a.gjf，输出b.out，可以运行： ./rung03 a.gjf b.out

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4楼2011-12-26 21:28:45

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nyzhaoyin

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4楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-26 21:28:45:
你可以写个小脚本，把里面的内容分别改成03 09啥的，就能各自运行了
# rung03
export g03root="/usr/local/chemsoft"
mkdir /tmp/${PBS_JOBID}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/${PBS_JOBID}
source $ ...

非常感谢

对了你这个脚本我用了很好不过就是运行脚本后也是一直等到任务算完才会跳出新的$命令行有啥办法修改吗？

[ Last edited by nyzhaoyin on 2011-12-27 at 00:30 ]

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5楼2011-12-26 23:56:31

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coolrainbow

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g03 < $1 > $2 &

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6楼2011-12-27 08:24:41

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nyzhaoyin

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6楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-27 08:24:41:
g03 < $1 > $2 &

加上&后出错了。。。。

03 出现：

forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 11, file /tmp/test2/Gau-8114.inp
Image             PC             Routine          Line       Source
g03             00000000004AED6E  Unknown             Unknown  Unknown
g03             00000000004ADF6A  Unknown             Unknown  Unknown
g03             00000000004446AA  Unknown             Unknown  Unknown
g03             0000000000418E6A  Unknown             Unknown  Unknown
g03             0000000000418476  Unknown             Unknown  Unknown
g03             000000000042BB8E  Unknown             Unknown  Unknown
g03             0000000000405C29  Unknown             Unknown  Unknown
g03             0000000000404C02  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003C8AA1ECDD  Unknown             Unknown  Unknown
g03             0000000000404B29  Unknown             Unknown  Unknown

09出现：

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /tmp/test/Gau-8120.inp
In source file ml0.f, at line number 182

去掉&都正常了

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7楼2011-12-27 12:00:00

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