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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » g03 or g09 临时文件存放问题
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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] g03 or g09 临时文件存放问题

我的g09安装目录为/home/g09
g09里也建立了个scratch目录
程序可以运行，临时文件都存在scratch里
现在我想让每个用户在使用g09进行计算时，产生的临时文件不存在scratch目录下，而是存在提交任务的当前目录，这样方便每个用户自己及时删除这些临时文件。
请问是将 export GAUSS_SCRDIR=/home/g09/scratch
这句话删除，还是？
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出清水而不染
1楼 2012-04-05 10:24:31
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zrtpaopao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-05 18:18:00
sunmuer: 金币+2, ★有帮助, 回头我试试看 2012-04-06 06:49:51
删除
计算的临时文件就放在当前目录了
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2楼2012-04-05 12:11:15
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+1, ★有帮助, 能说说为什么吗？ 2012-04-06 06:50:14
如果是这样的话，只需要2～3个高斯，你的集群就基本瘫患。
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3楼2012-04-05 20:11:52
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sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bluewhale at 2012-04-05 20:11:52:
如果是这样的话，只需要2～3个高斯，你的集群就基本瘫患。

为什么呢？
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出清水而不染
4楼2012-04-06 06:49:28
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunmuer: 金币+3, ★有帮助, 谢谢解答 2012-04-06 12:05:17
如果你的空间足够大的话，还可以，不够大的话很容易满的，临时文件很大的，尤其是rwf文件，不过你可以在输入文件中将没用的临时文件不保存，如：
%rwf=
%nosave
这样的话，nosave上面的都不会保存，你可以看一下manual，很清楚的，关于scratch文件的。
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5楼2012-04-06 09:22:02
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sunmuer

木虫 (小有名气)
我删除了那一行以后，提交任务时出现下列问题：

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /usr/local/g09/scratch/Gau-4938.inp
In source file ml0.f, at line number 182
  --- traceback not available

[1]+  Aborted                 g09 ts2a-ny.com
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出清水而不染
6楼2012-04-06 09:52:00
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sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zrtpaopao at 2012-04-05 12:11:15:
删除
计算的临时文件就放在当前目录了

删除以后，提交任务时出现了一个新的问题
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /usr/local/g09/scratch/Gau-4938.inp
In source file ml0.f, at line number 182
  --- traceback not available

[1]+  Aborted                 g09 ts2a-ny.com

我的g09装在/home下的，为什么会找 /usr/local/下的g09呢？
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出清水而不染
7楼2012-04-06 12:07:06
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by sunmuer at 2012-04-06 06:49:28:
为什么呢？

scratch的目的是要求一个速度快的本地存储，一般来讲，g03/g09会不断地交换内存与scratch文件的内容，对于NFS存储，这种负载显然过大，你可以试一下。当然，现在内存配得都比较大，也可以用内存作scratch,例如，
ln -s /dev/shm /scratchmem
这样，性能将好很多。计算完后，记得清空scratchmem下的临时文件。
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8楼2012-04-06 12:47:39
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