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sunmuer

木虫 (小有名气)

[求助] g03 or g09 临时文件存放问题

我的g09安装目录为/home/g09
g09里也建立了个scratch目录
程序可以运行,临时文件都存在scratch里
现在我想让每个用户在使用g09进行计算时,产生的临时文件不存在scratch目录下,而是存在提交任务的当前目录,这样方便每个用户自己及时删除这些临时文件。
请问是将 export GAUSS_SCRDIR=/home/g09/scratch
这句话删除,还是?
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出清水而不染
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zrtpaopao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2012-04-05 18:18:00
sunmuer: 金币+2, 有帮助, 回头我试试看 2012-04-06 06:49:51
删除
计算的临时文件就放在当前目录了
2楼2012-04-05 12:11:15
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunmuer: 金币+1, 有帮助, 能说说为什么吗? 2012-04-06 06:50:14
如果是这样的话,只需要2~3个高斯,你的集群就基本瘫患。
3楼2012-04-05 20:11:52
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sunmuer

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bluewhale at 2012-04-05 20:11:52:
如果是这样的话,只需要2~3个高斯,你的集群就基本瘫患。

为什么呢?
出清水而不染
4楼2012-04-06 06:49:28
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不喜欢豆芽

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sunmuer: 金币+3, 有帮助, 谢谢解答 2012-04-06 12:05:17
如果你的空间足够大的话,还可以,不够大的话很容易满的,临时文件很大的,尤其是rwf文件,不过你可以在输入文件中将没用的临时文件不保存,如:
%rwf=
%nosave
这样的话,nosave上面的都不会保存,你可以看一下manual,很清楚的,关于scratch文件的。
5楼2012-04-06 09:22:02
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sunmuer

木虫 (小有名气)

我删除了那一行以后,提交任务时出现下列问题:

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /usr/local/g09/scratch/Gau-4938.inp
In source file ml0.f, at line number 182
  --- traceback not available

[1]+  Aborted                 g09 ts2a-ny.com
出清水而不染
6楼2012-04-06 09:52:00
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sunmuer

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zrtpaopao at 2012-04-05 12:11:15:
删除
计算的临时文件就放在当前目录了

删除以后,提交任务时出现了一个新的问题
PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /usr/local/g09/scratch/Gau-4938.inp
In source file ml0.f, at line number 182
  --- traceback not available

[1]+  Aborted                 g09 ts2a-ny.com

我的g09装在/home下的,为什么会找 /usr/local/下的g09呢?
出清水而不染
7楼2012-04-06 12:07:06
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by sunmuer at 2012-04-06 06:49:28:
为什么呢?

scratch的目的是要求一个速度快的本地存储,一般来讲,g03/g09会不断地交换内存与scratch文件的内容,对于NFS存储,这种负载显然过大,你可以试一下。当然,现在内存配得都比较大,也可以用内存作scratch,例如,
ln -s /dev/shm /scratchmem
这样,性能将好很多。计算完后,记得清空scratchmem下的临时文件。
8楼2012-04-06 12:47:39
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