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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 同一用户下 安装g03 g09 结果还是不行 混乱了
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)

[交流] 同一用户下 安装g03 g09 结果还是不行 混乱了



尽管设置了不同的变量神码的  


# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
        . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
# for Gaussian.03.E01
G03ROOT=/home/yin/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/home/yin/scratch/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

# for Gaussian.09.A01
# G09ROOT=/home/yin/g09
# GAUSS_EXEDIR=$G09ROOT
# GAUSS_SCRDIR=/home/yin/scratch/g09
# LD_LIBRARY_PATH=$G09ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
# PATH=$G09ROOT/:$PATH
# export G09ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH


看上面代码部分   只用03  我就把09前面加上#    就像上面的  只用09了就把03前面加#  09前面的#去掉


我在想  是不是可以用两个用户？

两个用户的话  如果我在user1里面提交任务  然后切换到user2  再提交任务
user1里面的任务还在运行吗？  不太懂linux的多用户
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1楼 2011-12-26 18:34:09
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
nyzhaoyin(金币+1):谢谢参与
你就非得写到.bashrc里啊，写个脚本在子shell里就行了
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2楼2011-12-26 20:04:10
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-26 20:04:10:
你就非得写到.bashrc里啊，写个脚本在子shell里就行了

求具体指点  谢谢
回复此楼
3楼2011-12-26 20:13:50
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2011-12-26 20:13:50:
求具体指点  谢谢

你可以写个小脚本，把里面的内容分别改成03 09啥的，就能各自运行了
# rung03
export g03root="/usr/local/chemsoft"
mkdir /tmp/${PBS_JOBID}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/${PBS_JOBID}
source $g03root/g03/bsd/g03.profile
cd your_path
g03 < $1 > $2
rm -rf /tmp/${PBS_JOBID}

比如叫a.gjf，输出b.out，可以运行： ./rung03 a.gjf b.out
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4楼2011-12-26 21:28:45
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-26 21:28:45:
你可以写个小脚本，把里面的内容分别改成03 09啥的，就能各自运行了
# rung03
export g03root="/usr/local/chemsoft"
mkdir /tmp/${PBS_JOBID}
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/${PBS_JOBID}
source $ ...

非常感谢

对了 你这个脚本我用了  很好 不过就是运行脚本后也是一直等到任务算完  才会跳出新的$命令行  有啥办法修改吗？

[ Last edited by nyzhaoyin on 2011-12-27 at 00:30 ]
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5楼2011-12-26 23:56:31
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coolrainbow

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
g03 < $1 > $2   &
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6楼2011-12-27 08:24:41
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by coolrainbow at 2011-12-27 08:24:41:
g03 < $1 > $2   &



加上&后出错了。。。。

03 出现：

forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 11, file /tmp/test2/Gau-8114.inp
Image              PC                Routine            Line        Source            
g03                00000000004AED6E  Unknown               Unknown  Unknown
g03                00000000004ADF6A  Unknown               Unknown  Unknown
g03                00000000004446AA  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000418E6A  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000418476  Unknown               Unknown  Unknown
g03                000000000042BB8E  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000405C29  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000404C02  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003C8AA1ECDD  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000404B29  Unknown               Unknown  Unknown



09出现：

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /tmp/test/Gau-8120.inp
In source file ml0.f, at line number 182


去掉&都正常了
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7楼2011-12-27 12:00:00
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
补充下：
不使用脚本  使用修改.bashrc文件的方法  加&没问题
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8楼2011-12-27 12:03:03
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abdoman

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2011-12-27 12:00:00:


加上&后出错了。。。。

03 出现：

forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 11, file /tmp/test2/Gau-8114.inp
Image              PC      ...

那你就
rung03 a.inp b.out &  
在这后面加个 &
就可以了
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9楼2011-12-27 18:37:54
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